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Prospecção metagenômica de bactérias relacionadas a quorum sensing durante a fermentação espontânea do cacau

Processo: 17/13759-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de outubro de 2017
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Elaine Cristina Pereira de Martinis
Beneficiário:Otávio Guilherme Gonçalves de Almeida
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):18/26719-5 - Taxonomia molecular e caracterização genômica de genes regulados por vias de Quorum Sensing em isolados de bactérias láticas oriundas de diferentes matrizes alimentares, BE.EP.DD
Assunto(s):Microbiologia de alimentos   Cacau   Metagenômica   Bactérias   Fermentação   Percepção de Quorum   Análise de sequência de DNA

Resumo

O processo espontâneo de fermentação do cacau não é padronizado, uma vez que os microrganismos que compõem o meio fermentativo são autóctones do ambiente externo às sementes de cacau que serão fermentadas. Trata-se de um processo complexo, em que se observa ao longo de sua execução uma sucessão microbiana, iniciando com a colonização por leveduras e é mantido e finalizado pelas bactérias ácido láticas e ácido acéticas. Diversos autores realizaram esforços no sentido de obter uma cultura de bactérias definidas, uma cultura starter, que garantiria a padronização do aroma e sabor (flavour) característicos do chocolate, o qual depende dos metabólitos liberados pelos microrganismos envolvidos no processo. Além disso, em algumas fermentações, a qualidade do alimento fermentado foi relacionada com a presença e ausência de cepas que expressam genes associados às vias clássicas de Quorum Sensing (QS) ou Quorum Quenching (QQ), tornando importante entender a dinâmica do processo fermentativo sob a ótica da comunicação bacteriana. Assim, objetivamos: (I) isolar DNA microbiano nas amostras de cacau durante a fermentação em tempos específicos; (II) sequenciar o DNA das amostras e analisar na plataforma ou HiSeq 2500 da Illumina; (III) identificar por meio de análise de bioinformática as bactérias que expressam genes moduladores das vias de QS; (IV) analisar fenotipicamente em ensaio de QS; (V); quantificar as moléculas autoindutoras presentes na cultura de bactérias por meio de HPLC-MS/MS; (VI) produzir uma cultura starter com populações bacterianas definidas; (VII) realizar a análise sensorial das sementes fermentadas por técnicos especializados. (AU)

Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PEREIRA, MARITA GIMENEZ; DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME GONCALVES; DA SILVA, HEVELIN REGIANE AUGUSTO; ISHIZAWA, MARILIA HARUMI; DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA PEREIRA. Studies on host-foodborne bacteria in intestinal three-dimensional cell culture model indicate possible mechanisms of interaction. WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, v. 37, n. 2 FEB 2021. Citações Web of Science: 0.
DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME GONCALVES; CAPIZZANI, CAROLINA PAULINO DA COSTA; TONANI, LUDMILLA; GRIZANTE BARIAO, PATRICIA HELENA; DA CUNHA, ANDERSON FERREIRA; DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA PEREIRA; TORRES, LIDIA ALICE GOMES MONTEIRO MARIN; VON ZESKA KRESS, MARCIA REGINA. The Lung Microbiome of Three Young Brazilian Patients With Cystic Fibrosis Colonized by Fungi. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 10, NOV 11 2020. Citações Web of Science: 0.
FRAZILIO, DIEGO ARAUJO; ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME GONCALVES DE; OLIVEIRA, CARLOS AUGUSTO FERNANDES DE; LEE, SARAH HWA IN; CORASSIN, CARLOS HUMBERTO; ALVES, VIRGINIA FARIAS; DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA PEREIRA. Metataxonomics contributes to unravel the microbiota of a Brazilian dairy. JOURNAL OF DAIRY RESEARCH, v. 87, n. 3, p. 360-363, AUG 2020. Citações Web of Science: 0.
ALMEIDA, O. G. G.; PINTO, U. M.; MATOS, C. B.; FRAZILIO, D. A.; BRAGA, V. F.; VON ZESKA-KRESS, M. R.; DE MARTINIS, E. C. P. Does Quorum Sensing play a role in microbial shifts along spontaneous fermentation of cocoa beans? An in silico perspective. Food Research International, v. 131, MAY 2020. Citações Web of Science: 0.
FRAZILIO, DIEGO ARAUJO; DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME GONCALVES; NINO-ARIAS, FABIAN CAMILO; DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA PEREIRA. Finding a common core microbiota in two Brazilian dairies through culture and DNA metabarcoding studies. JOURNAL OF FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY-MYSORE, v. 56, n. 12, p. 5326-5335, DEC 2019. Citações Web of Science: 0.
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; GONCALVES DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME; PEREIRA DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Characterization of an Environmental Multidrug-Resistant Acinetobacter seifertii and Comparative Genomic Analysis Reveals Co-occurrence of Antimicrobial Resistance and Metal Tolerance Determinants. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, SEP 18 2019. Citações Web of Science: 0.
GONCALVES DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME; PEREIRA DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA. Relating next-generation sequencing and bioinformatics concepts to routine microbiological testing. ELECTRONIC JOURNAL OF GENERAL MEDICINE, v. 16, n. 3 2019. Citações Web of Science: 1.

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