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Prospecção metagenômica de bactérias relacionadas a quorum sensing durante a fermentação espontânea do cacau

Processo: 17/13759-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de outubro de 2017
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Elaine Cristina Pereira de Martinis
Beneficiário:Otávio Guilherme Gonçalves de Almeida
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):18/26719-5 - Taxonomia molecular e caracterização genômica de genes regulados por vias de quorum sensing em isolados de bactérias láticas oriundas de diferentes matrizes alimentares, BE.EP.DD
Assunto(s):Microbiologia de alimentos   Cacau   Metagenômica   Bactérias   Fermentação   Percepção de Quorum   Análise de sequência de DNA

Resumo

O processo espontâneo de fermentação do cacau não é padronizado, uma vez que os microrganismos que compõem o meio fermentativo são autóctones do ambiente externo às sementes de cacau que serão fermentadas. Trata-se de um processo complexo, em que se observa ao longo de sua execução uma sucessão microbiana, iniciando com a colonização por leveduras e é mantido e finalizado pelas bactérias ácido láticas e ácido acéticas. Diversos autores realizaram esforços no sentido de obter uma cultura de bactérias definidas, uma cultura starter, que garantiria a padronização do aroma e sabor (flavour) característicos do chocolate, o qual depende dos metabólitos liberados pelos microrganismos envolvidos no processo. Além disso, em algumas fermentações, a qualidade do alimento fermentado foi relacionada com a presença e ausência de cepas que expressam genes associados às vias clássicas de Quorum Sensing (QS) ou Quorum Quenching (QQ), tornando importante entender a dinâmica do processo fermentativo sob a ótica da comunicação bacteriana. Assim, objetivamos: (I) isolar DNA microbiano nas amostras de cacau durante a fermentação em tempos específicos; (II) sequenciar o DNA das amostras e analisar na plataforma ou HiSeq 2500 da Illumina; (III) identificar por meio de análise de bioinformática as bactérias que expressam genes moduladores das vias de QS; (IV) analisar fenotipicamente em ensaio de QS; (V); quantificar as moléculas autoindutoras presentes na cultura de bactérias por meio de HPLC-MS/MS; (VI) produzir uma cultura starter com populações bacterianas definidas; (VII) realizar a análise sensorial das sementes fermentadas por técnicos especializados. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FRAZILIO, DIEGO ARAUJO; DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME GONCALVES; NINO-ARIAS, FABIAN CAMILO; DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA PEREIRA. Finding a common core microbiota in two Brazilian dairies through culture and DNA metabarcoding studies. JOURNAL OF FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY-MYSORE, v. 56, n. 12, p. 5326-5335, DEC 2019. Citações Web of Science: 0.
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; GONCALVES DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME; PEREIRA DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Characterization of an Environmental Multidrug-Resistant Acinetobacter seifertii and Comparative Genomic Analysis Reveals Co-occurrence of Antimicrobial Resistance and Metal Tolerance Determinants. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, SEP 18 2019. Citações Web of Science: 0.
GONCALVES DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME; PEREIRA DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA. Relating next-generation sequencing and bioinformatics concepts to routine microbiological testing. ELECTRONIC JOURNAL OF GENERAL MEDICINE, v. 16, n. 3 2019. Citações Web of Science: 1.

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