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Sequenciamento e montagem do genoma de Phrixotrhix hirtus (Phengodidae: Coleoptera)

Processo: 17/20734-0
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2018
Vigência (Término): 31 de março de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Vadim Viviani
Beneficiário:Danilo Trabuco Do Amaral
Supervisor no Exterior: Yoshihiro Ohmiya
Instituição-sede: Centro de Ciências e Tecnologias para a Sustentabilidade (CCTS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Hokkaido (AIST), Japão  
Vinculado à bolsa:14/20176-9 - Transcriptoma das lanternas de larva e adulto e do corpo gorduroso de larva de Elateroidea (Coleoptera), BP.PD
Assunto(s):Genomas   Análise de sequência de DNA   Phengodidae   Bioluminescência

Resumo

Bioluminescência, a emissão de luz fria produzida por organismos vivos, tem sido amplamente encontrada no habitat terrestre na superfamília Elateroidea. O mecanismo da produção de luz nesta superfamília é bem conhecido, no entanto estudos sobre organização e tamanho do genoma desses organismos ainda não foram discutidos. Os projetos de genômica funcional ajudam a identificar importantes elementos estruturais e funcionais e variações genéticas nesses genomas, além de identificar grupos gênicos envolvidos em funções semelhantes no mesmo cromossomo. Assim, para melhorar/aumentar a informação sobre a organização do genoma, tamanho e eventos de duplicação em espécies de Elateroidea, realizaremos o sequenciamento do genoma do Phrixothrix hirtus (Phengodidae). Serão utilizadas neste estudo duas abordagens distintas: o sequenciamento paired-end de 600 pb e o sequenciamento de uma biblioteca mate-pair de fragmentos de tamanho de 5 Kb, ambos na plataforma Illumina HiSeq. Essas duas abordagens devem ajudar a melhorar a qualidade do genoma montado. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AMARAL, DANILO T.; BONATELLI, ISABEL A. S.; CERRI, RICARDO; VIVIANI, VADIM R. Phylogenomic analyses and divergence time estimation of Elateroidea (Coleoptera) based on RNA-Seq data. Comparative Biochemistry and Physiology D-Genomics & Proteomics, v. 30, p. 283-289, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.

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