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Investigação da taxa de pseudogenização entre genomas do complexo Mycobacterium tuberculosis

Processo: 17/20147-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de novembro de 2017
Vigência (Término): 31 de outubro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Ana Marcia de Sá Guimarães
Beneficiário:Naila Cristina Soler Camargo
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Mycobacterium tuberculosis   Tuberculose   Doenças transmissíveis   Genômica comparativa   Pseudogenes   Desenvolvimento de vacinas

Resumo

A tuberculose é uma doença infectocontagiosa causada por bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) capaz de afetar humanos e animais. Membros do MTBC são descritos a partir de processos evolutivos clonais e apresentam grande similaridade genômica (> 99,9%). Porém, mesmo devido a essa alta similaridade, essas espécies apresentam variações fenotípicas relacionadas à virulência e ao tropismo por hospedeiros, sendo algumas adaptadas a humanos (i.e. especialistas), outras capazes de infectar diversos animais (i.e. generalistas). A pseudogenização é descrita como forma de variação gênica em espécies de evolução clonal, principalmente em Mycobacterium tuberculosis (tuberculose humana), e tem sido associada ao processo de especialização bacteriana em relação ao hospedeiro dessa espécie. No entanto, a descrição de processos de decay genômico e pseudogenização ainda não foram detalhadamente descritos nos demais membros do MTBC, e o impacto dessa remodelagem genômica em espécies generalistas do complexo, como por exemplo Mycobacterium bovis, ainda é desconhecido. Objetivo: analisar taxas de pseudogenização e caracterizar os pseudogenes em diferentes espécies do MTBC e Mycobacterium canettii, para, então, correlacionar com os devidos fenótipos desses micro-organismos. Material e métodos: genomas das espécies do MTBC e M. canetti disponíveis no GenBank serão selecionadas para identificação e caracterização de pseudogenes. Após confirmação, as taxas de pseudogenes serão relacionadas com os fenótipos das micobactérias estudadas. Resultados esperados: a avaliação da extensão do impacto da remodelagem genômica na expressão fenotípica desses agentes pode ter implicações significativas no desenvolvimento de vacinas para prevenir a tuberculose em humanos e animais. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER; PATANE, JOSE SALVATORE L.; PROENGA GUEDES, AURELIANO COELHO; DE SOUZA, ROBSON F.; SILVA-PEREIRA, TAIANA T.; SOLER CAMARGO, NAILA C.; DE SOUZA FILHO, ANTONIO F.; IKUTA, CASSIA Y.; FERREIRA NETO, JOSE SOARES; SETUBAL, JOAO CARLOS; HEINEMANN, MARCOS BRYAN; SA GUIMARAES, ANA MARCIA. Global Distribution and Evolution of Mycobacterium bovis Lineages. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 11, MAY 7 2020. Citações Web of Science: 1.
SILVA-PEREIRA, TAIANA T.; IKUTA, CASSIA Y.; ZIMPEL, CRISTINA K.; CAMARGO, NAILA C. S.; DE SOUZA FILHO, ANTONIO F.; FERREIRA NETO, JOSE S.; HEINEMANN, MARCOS B.; GUIMARAES, ANA M. S. Genome sequencing of Mycobacterium pinnipedii strains: genetic characterization and evidence of superinfection in a South American sea lion (Otaria flavescens). BMC Genomics, v. 20, n. 1 DEC 30 2019. Citações Web of Science: 1.

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