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Estudo da eficiência da imputação e painéis de menores densidades de SNPs na raça Quarto de Milha

Processo: 17/14748-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de outubro de 2017
Vigência (Término): 30 de setembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Josineudson Augusto Ii de Vasconcelos Silva
Beneficiário:Estevam Rodrigues de Souza
Instituição-sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Equinos   Genótipo   Técnicas de genotipagem   Genômica   Melhoramento genético animal   Imputação objetiva

Resumo

O investimento em painéis de genotipagem ainda é elevado, sendo que o nível de informação do painel influencia seu custo comercial. A imputação de genótipos tem sido explorada como estratégia na redução dos custos da implementação de ferramentas moleculares no melhoramento genético animal. Desta forma, o objetivo do presente trabalho será estudar a eficiência da imputação obtida de análises de painéis de baixas densidades de SNPs (1k, 3k, 6k e 9k) e painéis comerciais de alta densidade, com finalidade de verificar a possibilidade do uso de painéis de baixa densidade no melhoramento genético da raça Quarto de Milha. Serão utilizados total de 356 equinos da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha, de ambos os sexos, genotipados com painel de alta densidade de SNPs. Os SNPs para composição dos painéis de baixas densidades serão selecionados considerando espaçamento ao longo do cromossomo e alta frequência do alelo menor. A imputação dos genótipos será realizada por meio do programa FImpute v.2.2. A eficiência de imputação será avaliada de acordo com os seguintes critérios: 1) porcentagem de genótipos não imputados (PGNI); 2) porcentagem de genótipos imputados corretamente (PGIC); 3) correlação entre o genótipo observado e o genótipo imputado (CORR). (AU)

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