Caracterização, genômica e diagnóstico de vírus com importância em saúde pública no Brasil por sequenciamento de alto desempenho

• Processo: 17/13981-0
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de dezembro de 2017
• Vigência (Término): 27 de outubro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Luiz Tadeu Moraes Figueiredo
• Beneficiário: William Marciel de Souza
• Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/02438-6 - Estudos com Bunyaviridae causadores de doença, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 19/24251-9 - Abordagens multi-ômicas para o estudo da doença por Chikungunya, BE.EP.PD
• Assunto(s): Epidemiologia molecular Virologia Genômica

Resumo

Os sequenciadores de alto desempenho tem permitido importantes avanços na identificação e caracterização de vírus, sem a necessidade de isolamento e cultivo celular. Além disso, os custos do uso destes sequenciadores tem sido drasticamente reduzidos nos últimos anos, tornando, este método cada vez mais utilizado em estudos com vírus de importância para a saúde pública humana, incluindo os zoonóticos. Por isso, explorando amplamente esta metodologia, pretendemos: caracterizar cerca de 40 novas espécies de vírus em amostras de morcegos, roedores, gambás e carrapatos de diferentes regiões do Brasil. Para isto, realizaremos a caracterização genômica, taxonomia, evolução e epidemiologia molecular, bem como tentaremos o isolamento viral. Como segunda parte deste projeto, utilizaremos o sequenciamento de alto desempenho em sua última geração, a plataforma MinION, para realizar sequenciamento visando ao diagnóstico viral em etapa única e com direto fornecimento da sequência nucleotídica. Para tanto, desenvolveremos painéis para arbovírus causadores de doença humana, para vírus que acometem pacientes imunossuprimidos e vírus que causam infecção no sistema nervoso central. Nossas abordagens diagnósticas com sequenciamento MinION poderão ser implementadas na rotina clínica, patenteadas e disponibilizadas em kits diagnósticos comerciais. (AU)

Publicações científicas

(31)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; CARRERA, JEAN PAUL; DE ARAUJO, JANSEN; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; DE CARVALHO, CRISTIANO; DURIGON, EDISON LUIZ; QUEIROZ, LUZIA HELENA; FARIA, NUNO RODRIGUES; MURCIA, PABLO R.; et al. Paramyxoviruses from neotropical bats suggest a novel genus and nephrotropism. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 95, NOV 2021. (15/05778-5, 19/24251-9, 06/00572-0, 13/14929-1, 18/09383-3, 17/13981-0, 18/14389-0)

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LEE, QUINTIN; PADULA, MATTHEW P.; PINELLO, NATALIA; WILLIAMS, SIMON H.; O'ROURKE, MATTHEW B.; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; ORKIN, JOSEPH D.; SONG, RENHUA; SHABAN, BABAK; BRENNER, ORI; et al. Murine and related chapparvoviruses are nephro-tropic and produce novel accessory proteins in infected kidneys. PLOS PATHOGENS, v. 16, n. 1, JAN 2020. (17/13981-0, 18/09383-3)

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DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MARTIN, MATHEUS CAVALHEIRO; DE ARAUJO, JANSEN; ORSI, MARIA ANGELA; SANFILIPPO, LUIZ FRANCISCO; MODHA, SEJAL; DURIGON, EDISON LUIZ; PROENCA-MODENA, JOSE LUIZ; ARNS, CLARICE WEIS; et al. Pingu virus: A new picornavirus in penguins from Antarctica. VIRUS EVOLUTION, v. 5, n. 2, JUL 2019. (17/13981-0, 12/24150-9, 16/01414-1, 06/00572-0, 13/14929-1, 14/20851-8, 15/05778-5)

ABUDUREXITI, ABULIKEMU; ADKINS, SCOTT; ALIOTO, DANIELA; ALKHOVSKY, SERGEY V.; AVSIC-ZUPANC, TATJANA; BALLINGER, MATTHEW J.; BENTE, DENNIS A.; BEER, MARTIN; BERGERON, ERIC; BLAIR, CAROL D.; et al. Taxonomy of the order Bunyavirales: update 2019. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 164, n. 7, p. 1949-1965, JUL 2019. (17/13981-0)

DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE ARAUJO, JANSEN; OMETTO, TATIANA; MODHA, SEJAL; THOMAZELLI, LUCIANO MATSUMIYA; DURIGON, EDISON LUIS; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Discovery of novel astrovirus and calicivirus identified in ruddy turnstones in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, APR 3 2019. (15/05778-5, 12/24150-9, 11/13821-7, 17/13981-0, 16/01414-1, 13/14929-1, 18/09383-3, 09/05994-9, 13/05485-2)

DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DENNIS, TRISTAN; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; ARAUJO, JANSEN; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; et al. Novel Parvoviruses from Wild and Domestic Animals in Brazil Provide New Insights into Parvovirus Distribution and Diversity. Viruses-Basel, v. 10, n. 4, APR 2018. (09/05994-9, 15/05778-5, 12/24150-9, 11/13821-7, 11/06810-9, 17/13981-0, 11/22663-6, 16/01414-1, 13/14929-1, 16/02568-2, 06/00572-0, 14/20851-8, 08/06411-4)

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MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A novel polyomavirus in sigmodontine rodents from So Paulo State, Brazil. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 163, n. 10, p. 2913-2915, OCT 2018. (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 13/14929-1, 16/02568-2, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 15/05778-5)