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Caracterização, genômica e diagnóstico de vírus com importância em saúde pública no Brasil por sequenciamento de alto desempenho

Processo: 17/13981-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2017
Vigência (Término): 27 de outubro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Luiz Tadeu Moraes Figueiredo
Beneficiário:William Marciel de Souza
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/02438-6 - Estudos com Bunyaviridae causadores de doença, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):19/24251-9 - Abordagens multi-ômicas para o estudo da doença por Chikungunya, BE.EP.PD
Assunto(s):Epidemiologia molecular   Virologia   Genômica

Resumo

Os sequenciadores de alto desempenho tem permitido importantes avanços na identificação e caracterização de vírus, sem a necessidade de isolamento e cultivo celular. Além disso, os custos do uso destes sequenciadores tem sido drasticamente reduzidos nos últimos anos, tornando, este método cada vez mais utilizado em estudos com vírus de importância para a saúde pública humana, incluindo os zoonóticos. Por isso, explorando amplamente esta metodologia, pretendemos: caracterizar cerca de 40 novas espécies de vírus em amostras de morcegos, roedores, gambás e carrapatos de diferentes regiões do Brasil. Para isto, realizaremos a caracterização genômica, taxonomia, evolução e epidemiologia molecular, bem como tentaremos o isolamento viral. Como segunda parte deste projeto, utilizaremos o sequenciamento de alto desempenho em sua última geração, a plataforma MinION, para realizar sequenciamento visando ao diagnóstico viral em etapa única e com direto fornecimento da sequência nucleotídica. Para tanto, desenvolveremos painéis para arbovírus causadores de doença humana, para vírus que acometem pacientes imunossuprimidos e vírus que causam infecção no sistema nervoso central. Nossas abordagens diagnósticas com sequenciamento MinION poderão ser implementadas na rotina clínica, patenteadas e disponibilizadas em kits diagnósticos comerciais. (AU)

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Publicações científicas (31)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AGUILAR, PATRICIA V.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SILVAS, JESUS A.; WOOD, THOMAS; WIDEN, STEVEN; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO. Genetic Characterization of the Patois Serogroup (Genus Orthobunyavirus; Family Peribunyaviridae) and Evidence That Estero Real Virus is a Member of the Genus Orthonairovirus. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, v. 99, n. 2, p. 451-457, . (16/01414-1, 17/13981-0, 12/24150-9)
MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A novel polyomavirus in sigmodontine rodents from So Paulo State, Brazil. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 163, n. 10, p. 2913-2915, . (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 13/14929-1, 16/02568-2, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 15/05778-5)
ABUDUREXITI, ABULIKEMU; ADKINS, SCOTT; ALIOTO, DANIELA; ALKHOVSKY, SERGEY V.; AVSIC-ZUPANC, TATJANA; BALLINGER, MATTHEW J.; BENTE, DENNIS A.; BEER, MARTIN; BERGERON, ERIC; BLAIR, CAROL D.; et al. Taxonomy of the order Bunyavirales: update 2019. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 164, n. 7, p. 1949-1965, . (17/13981-0)
DENNIS, TRISTAN P. W.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; MARSILE-MEDUN, SOLEDAD; SINGER, JOSHUA B.; WILSON, SAM J.; GIFFORD, ROBERT J.. The evolution, distribution and diversity of endogenous circoviral elements in vertebrate genomes. VIRUS RESEARCH, v. 262, n. SI, p. 15-23, . (17/13981-0)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MARTIN, MATHEUS CAVALHEIRO; DE ARAUJO, JANSEN; ORSI, MARIA ANGELA; SANFILIPPO, LUIZ FRANCISCO; MODHA, SEJAL; DURIGON, EDISON LUIZ; PROENCA-MODENA, JOSE LUIZ; ARNS, CLARICE WEIS; et al. Pingu virus: A new picornavirus in penguins from Antarctica. VIRUS EVOLUTION, v. 5, n. 2, . (17/13981-0, 12/24150-9, 16/01414-1, 06/00572-0, 13/14929-1, 14/20851-8, 15/05778-5)
LEE, QUINTIN; PADULA, MATTHEW P.; PINELLO, NATALIA; WILLIAMS, SIMON H.; O'ROURKE, MATTHEW B.; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; ORKIN, JOSEPH D.; SONG, RENHUA; SHABAN, BABAK; BRENNER, ORI; et al. Murine and related chapparvoviruses are nephro-tropic and produce novel accessory proteins in infected kidneys. PLOS PATHOGENS, v. 16, n. 1, . (17/13981-0, 18/09383-3)
IANI, FELIPE C. M.; GIOVANETTI, MARTA; FONSECA, VAGNER; SOUZA, WILLIAM M.; ADELINO, TALITA E. R.; XAVIER, JOILSON; JESUS, JAQUELINE G.; PEREIRA, MAIRA A.; SILVA, MARCOS V. F.; COSTA, ALANA V. B.; et al. Epidemiology and evolution of Zika virus in Minas Gerais, Southeast Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 91, . (19/24251-9, 18/14389-0, 17/13981-0, 18/17176-8, 19/12000-1)
FARIA, NUNO R.; MELLAN, THOMAS A.; WHITTAKER, CHARLES; CLARO, INGRA M.; CANDIDO, DARLAN DA S.; MISHRA, SWAPNIL; CRISPIM, MYUKI A. E.; SALES, FLAVIA C.; HAWRYLUK, IWONA; MCCRONE, JOHN T.; et al. Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil. Science, v. 372, n. 6544, p. 815+, . (19/24251-9, 16/18445-7, 19/21568-1, 20/04272-9, 18/14389-0, 19/21301-5, 17/13981-0, 19/07544-2, 18/25468-9, 20/04558-0, 18/12579-7, 19/21858-0, 18/17176-8, 19/12000-1)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DENNIS, TRISTAN; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; ARAUJO, JANSEN; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; et al. Novel Parvoviruses from Wild and Domestic Animals in Brazil Provide New Insights into Parvovirus Distribution and Diversity. Viruses-Basel, v. 10, n. 4, . (16/01414-1, 08/06411-4, 17/13981-0, 11/22663-6, 12/24150-9, 16/02568-2, 11/13821-7, 06/00572-0, 15/05778-5, 09/05994-9, 14/20851-8, 11/06810-9, 13/14929-1)
SILVA DE LIMA, SHIRLENE TELMOS; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; CAVALCANTE, JOHN WASHINGTON; CANDIDO, DARLAN DA SILVA; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; CARRERA, JEAN-PAUL; SIMOES MELLO, LEDA MARIA; DE CARVALHO ARAUJO, FERNANDA MONTENEGRO; CAVALCANTE RAMALHO, IZABEL LETICIA; DE ALMEIDA BARRETO, FRANCISCA KALLINE; et al. Fatal Outcome of Chikungunya Virus Infection in Brazil. Clinical Infectious Diseases, v. 73, n. 7, p. E2436-E2443, . (18/00837-1, 17/13981-0, 18/09383-3, 19/24251-9)
AMORIM, MARIENE R.; SOUZA, WILLIAM M.; BARROS, JR., ANTONIO C. G.; TOLEDO-TEIXEIRA, DANIEL A.; BISPO-DOS-SANTOS, KARINA; SIMEONI, CAMILA L.; PARISE, PIERINA L.; VIEIRA, ALINE; FORATO, JULIA; CLARO, INGRA M.; et al. Respiratory Viral Shedding in Healthcare Workers Reinfected with SARS-CoV-2, Brazil, 2020. Emerging Infectious Diseases, v. 27, n. 6, p. 1737-1740, . (19/24251-9, 18/14389-0, 17/13981-0, 20/02159-0, 17/26908-0, 16/00194-8, 20/04558-0, 20/02448-2)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE ARAUJO, JANSEN; OMETTO, TATIANA; MODHA, SEJAL; THOMAZELLI, LUCIANO MATSUMIYA; DURIGON, EDISON LUIS; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Discovery of novel astrovirus and calicivirus identified in ruddy turnstones in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (16/01414-1, 18/09383-3, 17/13981-0, 12/24150-9, 11/13821-7, 15/05778-5, 09/05994-9, 13/05485-2, 13/14929-1)
DENNIS, TRISTAN P. W.; FLYNN, PETER J.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SINGER, JOSHUA B.; MOREAU, CORRIE S.; WILSON, SAM J.; GIFFORD, ROBERT J.. Insights into Circovirus Host Range from the Genomic Fossil Record. Journal of Virology, v. 92, n. 16, . (15/05778-5, 17/13981-0, 12/24150-9)
DE MELO JUNIOR, ARISTIDES BEZERRA; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; CARVALHO, VALERIA LIMA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; TOLARDO, ALINE LAVADO; DA SILVA, SANDRO PATROCA; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; CHIANG, JANNIFER DE OLIVEIRA; DA SILVA GONCALVES VIANEZ JUNIOR, JOAO LIDIO; et al. Genomic characterization and evolution of Tacaiuma orthobunyavirus (Peribunyaviridae family) isolated in Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 60, p. 71-76, . (17/13981-0, 16/17457-1, 12/24150-9, 14/20851-8, 14/02438-6)
DE SOUZA SANTOS, ANDREZA ARUSKA; CANDIDO, DARLAN DA SILVA; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; BUSS, LEWIS; LI, SABRINA L.; PEREIRA, RAFAEL H. M.; WU, CHIEH-HSI; SABINO, ESTER C.; FARIA, NUNO R.. Dataset on SARS-CoV-2 non-pharmaceutical interventions in Brazilian municipalities. SCIENTIFIC DATA, v. 8, n. 1, . (19/24251-9, 17/13981-0, 18/14389-0)
CANDIDO, DARLAN S.; CLARO, INGRA M.; DE JESUS, JAQUELINE G.; SOUZA, WILLIAM M.; MOREIRA, FILIPE R. R.; DELLICOUR, SIMON; MELLAN, THOMAS A.; DU PLESSIS, LOUIS; PEREIRA, RAFAEL H. M.; SALES, FLAVIA C. S.; et al. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. Science, v. 369, n. 6508, SI, p. 1255+, . (19/24251-9, 16/18445-7, 18/14933-2, 18/14389-0, 18/09383-3, 19/21301-5, 17/13981-0, 20/04836-0, 19/07544-2, 20/04558-0, 16/00194-8, 18/25468-9, 18/17176-8, 19/12000-1)
FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; DE SOUZA COSTA, MICHELL CHARLES; SLHESSARENKO, RENATA DEZENGRINI; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Development of an Enzyme-Linked Immunosorbent Assay To Detect Antibodies Targeting Recombinant Envelope Protein 2 of Mayaro Virus. Journal of Clinical Microbiology, v. 57, n. 5, . (16/01414-1, 17/13981-0, 12/24150-9, 14/20851-8, 14/02438-6)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIE; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; SEKI, MEIRE CHRISTINA; GHELLER, JANAINA MENEGAZZO; DAFFRE, SIRLEI; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; et al. Viral diversity of Rhipicephalus microplus parasitizing cattle in southern Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, . (16/01414-1, 14/02438-6, 15/05778-5, 13/14929-1, 12/24150-9, 17/13981-0, 14/20851-8)
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DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; BUSS, LEWIS FLETCHER; CANDIDO, DARLAN DA SILVA; CARRERA, JEAN-PAUL; LI, SABRINA; ZAREBSKI, ALEXANDER E.; PEREIRA, RAFAEL HENRIQUE MORAES; PRETE, JR., CARLOS A.; DE SOUZA-SANTOS, ANDREZA ARUSKA; PARAG, KRIS V.; et al. Epidemiological and clinical characteristics of the COVID-19 epidemic in Brazil. NATURE HUMAN BEHAVIOUR, v. 4, n. 8, . (17/13981-0, 19/24251-9, 18/12579-7, 18/14389-0)
TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SAVJI, NAZIR; FIGUEIREDO, MARIO LUIS; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DA SILVA DE LIMA, CLAYTON PEREIRA; VASCONCELOS, HELENA BALDEZ; RODRIGUES, SUELI GUERREIRO; LIPKIN, W. IAN; et al. Oropouche orthobunyavirus: Genetic characterization of full-length genomes and development of molecular methods to discriminate natural reassortments. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 68, p. 16-22, . (12/24150-9, 17/13981-0, 15/05778-5)
FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DE CASTRO-JORGE, LUIZA ANTUNES; HOMEM DE CARVALHO, RENAN VILLANOVA; CASTRO, ITALO DE ARAUJO; NOGUEIRA DE ALMEIDA, LUIZ GUSTAVO; CONSONNI, SILVIO ROBERTO; ZAMBONI, DARIO SIMOES; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Chikungunya Virus Exposure Partially Cross-Protects against Mayaro Virus Infection in Mice. Journal of Virology, v. 95, n. 23, . (19/27333-6, 17/13981-0, 18/09383-3)
DE SOUZA, WILLIAM M.; MURARO, STEFANIE P.; SOUZA, GABRIELA F.; AMORIM, MARIENE R.; SESTI-COSTA, RENATA; MOFATTO, LUCIANA S.; FORATO, JULIA; BARBOSA, PRISCILLA P.; TOLEDO-TEIXEIRA, DANIEL A.; BISPO-DOS-SANTOS, KARINA; et al. lusters of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 Infection after Vaccination with Adenovirus-Vectored and Inactivated Vaccine. Viruses-Basel, v. 13, n. 11, . (16/00194-8, 18/14389-0, 18/13645-3, 17/26908-0, 20/02159-0, 17/13981-0, 19/09704-7, 18/10224-7, 19/24251-9, 20/04558-0)
HUGHES, HOLLY R.; ADKINS, SCOTT; ALKHOVSKIY, SERGEY; BEER, MARTIN; BLAIR, CAROL; CALISHER, CHARLES H.; DREBOT, MIKE; LAMBERT, AMY J.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; MARKLEWITZ, MARCO; et al. ICTV Virus Taxonomy Profile: Peribunyaviridae. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 101, n. 1, p. 1-2, . (17/13981-0)
ROMANO, CAMILA MALTA; FELIX, ALVINA CLARA; DE PAULA, ANDERSON VICENTE; DE JESUS, JAQUELINE GOES; ANDRADE, PAMELA S.; CANDIDO, DARLAN; DE OLIVEIRA, FRANCIANE M.; RIBEIRO, ANDREIA C.; DA SILVA, FRANCINI C.; INEMAMI, MARTA; et al. SARS-CoV-2 reinfection caused by the P.1 lineage in Araraquara city, Sao Paulo State, Brazil. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 63, . (19/24251-9, 17/13981-0, 18/14389-0, 19/03859-9)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; CARRERA, JEAN PAUL; DE ARAUJO, JANSEN; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; DE CARVALHO, CRISTIANO; DURIGON, EDISON LUIZ; QUEIROZ, LUZIA HELENA; FARIA, NUNO RODRIGUES; MURCIA, PABLO R.; et al. Paramyxoviruses from neotropical bats suggest a novel genus and nephrotropism. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 95, . (15/05778-5, 19/24251-9, 06/00572-0, 13/14929-1, 18/09383-3, 17/13981-0, 18/14389-0)
FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DE ARAUJO, JANSEN; MODHA, SEJAL; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Krykfeie dicistrovirus: A novel dicistrovirus in velvety free-tailed bats from Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 75, . (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 06/00572-0, 13/14929-1, 14/20851-8, 15/05778-5)
TAURO, LAURA B.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ELISA RIVAROLA, MARIA; DE OLIVEIRA, RODRIGO; KONIGHEIM, BRENDA; SILVA, SANDRO PATROCA; LIMA, CLAYTON; OLIVEIRA, LAYANNA; VASCONCELOS, JANAINA M.; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; et al. Genomic characterization of orthobunyavirus of veterinary importance in America. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 73, p. 205-209, . (17/13981-0)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Novel orthohepeviruses in wild rodents from Sao Paulo State, Brazil. VIROLOGY, v. 519, p. 12-16, . (16/01414-1, 08/06411-4, 17/13981-0, 11/22663-6, 12/24150-9, 16/02568-2, 06/00572-0, 15/05778-5, 14/20851-8, 11/06810-9, 13/14929-1)
FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ALVES ESPOSITO, DANILLO LUCAS; SILVA, ANGELICA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MARTINEZ, EDSON ZANGIACOMI; LOPES DA FONSECA, BENEDITO ANTONIO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Enzyme-linked immunosorbent assay using recombinant envelope protein 2 antigen for diagnosis of Chikungunya virus. VIROLOGY JOURNAL, v. 15, . (16/01414-1, 14/02438-6, 12/24150-9, 17/13981-0, 14/20851-8)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; MODHA, SEJAL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A Novel Hepacivirus in Wild Rodents from South America. Viruses-Basel, v. 11, n. 3, . (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 13/14929-1, 16/02568-2, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 15/05778-5)

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