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Busca e análise de lncRNAs (long non-coding RNAs) importantes para a tolerância ao etanol em Saccharomyces Cerevisiae

Processo: 17/14764-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2017
Vigência (Término): 30 de novembro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Guilherme Targino Valente
Beneficiário:Lucas Farinazzo Marques
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agronômicas (FCA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Proteoma   Transcriptoma   Biologia computacional   Biologia de sistemas

Resumo

A demanda mundial pela redução do uso dos combustíveis fósseis vem aumentando e dessa forma o etanol como combustível tornou-se uma excelente fonte alternativa de energia. A levedura Saccharomyces cerevisiae é o microrganismo mais utilizado para a produção de etanol devido a sua alta capacidade fermentativa e resistência aos estresses oriundos desse processo. Entretanto, a própria concentração de etanol é um dos fatores mais limitantes no processo de produção desse combustível. Os aspectos da genômica funcional relacionada à tolerância ao etanol são ainda pouco esclarecidas, restringindo-se a apenas algumas análises de transcriptomas. Porém, lncRNAs nunca foram foco dessas investigações. De fato, o número de lncRNAs identificadas em S. cerevisiae é muito pequeno, e nem mesmo se conhece as redes lncRNAs-proteínas nessa espécie. Além disso, não se sabe também se os lncRNAs em S. cerevisiae podem codificar micropeptídeos. Nesse contexto, o presente projeto visa montar e identificar lncRNAs e avaliar se possuem algum papel na tolerâncias ao etanol em S. cerevisiae. Para isso, será realizado a montagem/identificação dos lncRNAs (baseado em dados de transcriptomas), identificação/validação dos micropeptídeos oriundos dessas sequencias (validação com base em massas/carga de proteomas), predizer ligações lncRNA-proteínas e comparar os resultados entre linhagens mais e menos tolerantes ao etanol. Além disso, o impacto da expressão de um lncRNA que se liga a um fator de transcrição também será abordado. Os dados de transcriptomas e proteomas para essa proposta já foram obtidos em um projeto FAPESP 2015/12093-9 e cabe ao candidato, a realização de um trabalho puramente computacional.

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