Busca e análise de lncRNAs (long non-coding RNAs) importantes para a tolerância ao etanol em Saccharomyces cerevisiae

• Processo: 17/14764-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Guilherme Targino Valente
• Beneficiário: Lucas Farinazzo Marques
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agronômicas (FCA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia de sistemas Proteoma Transcriptoma Combustíveis alternativos Etanol Saccharomyces cerevisiae
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | biologia de sistemas | Proteoma | Transcriptoma | Genômica funcional e proteômica

Resumo

A demanda mundial pela redução do uso dos combustíveis fósseis vem aumentando e dessa forma o etanol como combustível tornou-se uma excelente fonte alternativa de energia. A levedura Saccharomyces cerevisiae é o microrganismo mais utilizado para a produção de etanol devido a sua alta capacidade fermentativa e resistência aos estresses oriundos desse processo. Entretanto, a própria concentração de etanol é um dos fatores mais limitantes no processo de produção desse combustível. Os aspectos da genômica funcional relacionada à tolerância ao etanol são ainda pouco esclarecidas, restringindo-se a apenas algumas análises de transcriptomas. Porém, lncRNAs nunca foram foco dessas investigações. De fato, o número de lncRNAs identificadas em S. cerevisiae é muito pequeno, e nem mesmo se conhece as redes lncRNAs-proteínas nessa espécie. Além disso, não se sabe também se os lncRNAs em S. cerevisiae podem codificar micropeptídeos. Nesse contexto, o presente projeto visa montar e identificar lncRNAs e avaliar se possuem algum papel na tolerâncias ao etanol em S. cerevisiae. Para isso, será realizado a montagem/identificação dos lncRNAs (baseado em dados de transcriptomas), identificação/validação dos micropeptídeos oriundos dessas sequencias (validação com base em massas/carga de proteomas), predizer ligações lncRNA-proteínas e comparar os resultados entre linhagens mais e menos tolerantes ao etanol. Além disso, o impacto da expressão de um lncRNA que se liga a um fator de transcrição também será abordado. Os dados de transcriptomas e proteomas para essa proposta já foram obtidos em um projeto FAPESP 2015/12093-9 e cabe ao candidato, a realização de um trabalho puramente computacional. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MARQUES, Lucas Farinazzo. Busca e análise de lncRNA (long non-coding RNAs) importantes para a tolerância ao etanol em Saccharomyces cerevisiae. 2019. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.