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Caracterização genética de famílias de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes a bactéria Aeromonas hydrophila por RNA-seq e RAD-seq

Processo: 17/26900-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 15 de fevereiro de 2018
Vigência (Término): 14 de dezembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
Pesquisador responsável:Diogo Teruo Hashimoto
Beneficiário:Vito Antonio Mastrochirico Filho
Supervisor no Exterior: Ross Houston
Instituição-sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa: University of Edinburgh, Escócia  
Vinculado à bolsa:16/18294-9 - Integração de métodos genômicos para seleção de genótipos de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes à bactéria Aeromonas hydrophila, BP.DR
Assunto(s):Peixes   Transcriptoma   Resistência à doença

Resumo

Este estudo pretende caracterizar geneticamente famílias do peixe pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes à bactéria Aeromonas hydrophila. Os objetivos específicos são: 1) caracterização de genes do sistema imunológico, por técnica RNA-seq, de indivíduos suscetíveis e resistentes desafiados à infecção por A. hydrophila; 2) caracterização de QTL (Quantitative Trait Loci) associado à resistência por infecção à A. hydrophila, por seqüenciamento / genotipagem de SNPs (ddRAD-seq, double-digest restriction- site-associated DNA sequencing). Em relação ao experimento RNA-seq, após a inoculação de A. hydrophila, as análises serão realizadas nos seguintes momentos: T1 (animais com morte iminente), peixes que apresentam sinais de infecção, considerados suscetíveis; T2 (após o plateau de mortalidade), indivíduos considerados resistentes ao desafio de resistência à A. hydrophila; e T1 e T2, relacionados aos indivíduos "Controle" inoculados com solução salina (PBS). As análises de bioinformática serão realizadas a partir da montagem de novo do transcriptoma de pacu, comparando T1 x Controle, T2 x Controle e T1 x T2. Posteriormente, o sequenciamento / genotipagem será realizado pela técnica ddRAD-seq (enzimas de restrição SphI e MluCI), a fim de realizar análises moleculares de 10 famílias de pacu desafiadas com A. hydrophila, o que permitirá a busca de QTL e fornecer suporte para a seleção assistida por marcadores. O impacto potencial deste estudo é disponibilizar tecnologias viáveis para a produção de peixes melhorados para a indústria da aquicultura.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; BORGES, CAROLINA H. S.; FREITAS, MILENA V.; ARIEDE, RAQUEL B.; PILARSKI, FABIANA; UTSUNOMIA, RICARDO; CARVALHEIRO, ROBERTO; GUTIERREZ, ALEJANDRO P.; PENALOZA, CAROLINA; YANEZ, JOSE M.; HOUSTON, ROSS D.; HASHIMOTO, DIOGO T. Development of a SNP linkage map and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in pacu (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics, v. 21, n. 1 SEP 29 2020. Citações Web of Science: 0.
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO; HATA, MILENE ELISSA; KURADOMI, RAFAEL YUTAKA; DE FREITAS, MILENA VIEIRA; ARIEDE, RAQUEL BELINI; PINHEIRO, DANIEL GUARIZ; ROBLEDO, DIEGO; HOUSTON, ROSS; HASHIMOTO, DIOGO TERUO. Transcriptome Profiling of Pacu (Piaractus mesopotamicus) Challenged With PathogenicAeromonas hydrophila: Inference on Immune Gene Response. FRONTIERS IN GENETICS, v. 11, JUN 9 2020. Citações Web of Science: 0.

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