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Sequenciamento em larga escala de plasmídeos carreando genes de resistência a antibióticos isolados de Enterobacteriaceae isoladas de frangos

Processo: 17/26311-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 18 de março de 2018
Vigência (Término): 17 de setembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:Ana Lúcia da Costa Darini
Beneficiário:Renata Galetti
Supervisor no Exterior: Lars Jelsbak
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Local de pesquisa : Technical University of Denmark (DTU), Dinamarca  
Vinculado à bolsa:15/11728-0 - Sequenciamento completo de plasmídeos carreando genes de resistência a antibióticos em bactérias de interesse e análise do genoma de linhagens de Pseudomonas aeruginosa produtoras de SPM-1 e de KPC-2 por sequenciamento em larga escala, BP.PD
Assunto(s):Biologia molecular

Resumo

Bactérias da família Enterobacteriaceae estão cada vez mais envolvidas com infecções envolvendo humanos e animais. De acordo com o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, o Brasil é o principal exportador de frangos no mundo, fazendo desta, uma das principais atividades econômicas no país. O estudo de bactérias patogênicas e resistentes aos antibióticos isoladas de frango tem um impacto importante na saúde pública com destaque para o risco de disseminação dessas bactérias através da cadeia alimentar. Com base nesses problemas, tornou-se cada vez mais importante estudar e investigar essas bactérias, uma vez que o uso indiscriminado de antibióticos nas últimas décadas selecionou isolados multirresistentes a antibióticos. O objetivo deste estudo é sequenciar e analisar o genoma completo de Enterobacteriaceae (Salmonella sp. e Enterobacter sp.) que carreiam plasmídeos contendo vários genes de resistência diferentes, com importância clínica e veterinária. O sequenciamento dos genomas será realizado usando as plataformas Illumina e/ou Pacbio. A montagem dos genomas será realizada usando os softwares CLC Genomics Workbench 8.0 e SMRT Analysis. A predição/anotação de genes será realizada utilizando as ferramentas Prokka e RAsT. A anotação terá curadoria manual com auxílio das ferramentas BLASTN e BLASTP. A investigação de particularidades em cada isolado será realizada utilizando ferramentas adicionais fornecidas pelo Centro de Genômica e Epidemiologia da Universidade Técnica de Copenhagen.