Proteômica quantitativa da cromatina frente ao tratamento com FGF2: análise da regulação transcricional e associação de cdc42

• Processo: 17/18344-9
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de janeiro de 2018
• Vigência (Término): 31 de março de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: Julia Pinheiro Chagas da Cunha
• Beneficiário: Francisca Nathália de Luna Vitorino
• Instituição-sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
• Bolsa(s) vinculada(s): 19/17675-7 - Isolamento de proteínas do loci de rDNA através da dCas9 marcada em células tumorais estimuladas com FGF2, BE.EP.DD
• Assunto(s): Proteômica Cromatina Fator 2 de crescimento de fibroblastos Proteína cdc42 de ligação ao GTP

Resumo

A cromatina tem uma função importante em processos celulares essenciais tais como mitose, transcrição, replicação, reparo, dentre outros. O fator de crescimento de fibroblastos 2 (FGF2) apesar de induzir proliferação celular em diversos contextos, inibe irreversivelmente a proliferação de células tumorais de camundongos (linhagem Y1) na transição G2/M do ciclo celular. Para entender melhor o mecanismo molecular induzido por este fator, nosso grupo realizou diversas análises proteômicas utilizando extratos totais e de proteínas associadas à cromatina dessas células após estímulo com FGF2. Nas análises proteômicas quantitativas da cromatina identificamos cerca de 1660 proteínas e 169 delas foram encontradas diferencialmente expressas em amostras estimuladas com FGF2. Diversas proteínas associadas à regulação transcricional são down regulados após estímulo com FGF2 enquanto que a proteína cdc42, uma Rho GTPase, está aumentada. Como estão descritas associações diretas e indiretas entre RhoGTPases e regulação transcricional, particularmente via regulação da fosforilação da porção carboxi-terminal (CTD) da RNA Pol II pretendemos, na continuação deste projeto para doutorado, explorar melhor os efeitos de FGF2 na cromatina modulando os níveis transcricionais e, ainda, investigar se cdc42 participa desta modulação. Como a presença desta proteína na cromatina é um achado novo na literatura, este projeto também pretende investigar isso em maiores detalhes. Assim, os níveis transcricionais serão avaliados por ensaios de Run-on (EU e BrUTP) utilizando ou não inibidores específicos das RNA Polimerases I e II e o status de fosforilação do CTD da RNA Pol II será avaliado por ensaios de western blotting. A localização de cdc42 na cromatina será avaliada por microscopia confocal, ChIP e ensaios de western blotting utilizando diferentes protocolos de obtenção da cromatina. células Y1 expressando cdc42 constitutiva ativa (cdc42-V12) ou inativa (CDC42-N17) assim como knockdown para cdc42 serão obtidos e os níveis transcricionais e de fosforilação do CTD da RNA Pol II serão avaliados. Tais células serão também avaliadas quanto a sensibilidade ou resistência aos efeitos citotóxicos induzidos pelo estímulo por FGF2. (AU)

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

LUND, PEDER J.; LOPES, MARIANA; SIDOLI, SIMONE; CORADIN, MARIEL; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; CHAGAS DA CUNHA, JULIA PINHEIRO; GARCIA, BENJAMIN A. FGF-2 induces a failure of cell cycle progression in cells harboring amplified K-Ras, revealing new insights into oncogene-induced senescence. MOLECULAR OMICS, v. 17, n. 5, p. 725-739, OCT 11 2021. Citações Web of Science: 0.

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DE LIMA, LOYZE P.; POUBEL, SALOE BISPO; YUAN, ZUO-FEI; ROSON, JULIANA NUNES; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; HOLETZ, FABIOLA BARBIERI; GARCIA, BENJAMIN A.; CHAGAS DA CUNHA, JULIA PINHEIRO. Improvements on the quantitative analysis of Trypanosoma cruzi histone post translational modifications: Study of changes in epigenetic marks through the parasite's metacyclogenesis and life cycle. JOURNAL OF PROTEOMICS, v. 225, APR 15 2020. Citações Web of Science: 0.