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Normalização de dados de expressão gênica pelo volume celular na leucemia linfóide aguda

Processo: 17/02301-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2018
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética
Pesquisador responsável:José Andrés Yunes
Beneficiário:Victor Sande Vasconcelos
Instituição-sede: Centro Infantil de Investigações Hematológicas Dr Domingos A Boldrini (CIB). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Expressão gênica   Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos   Leucemia-linfoma linfoblástico de células precursoras

Resumo

O desenvolvimento de tecnologias de análise da expressão gênica global vem sendo largamente usadas em biologia, para entender diversos fenômenos moleculares e celulares, através da identificação de conjuntos gênicos e as correspondentes vias moleculares, diferencialmente expressos em determinada situação teste. Além disso, análises do perfil de expressão gênica vêm sendo amplamente utilizadas na busca de marcadores moleculares para o diagnóstico e/ou prognóstico das mais diversas doenças, entre as quais o câncer. No caso da leucemia linfoide aguda, por exemplo, a análise da expressão gênica permite discriminar um subtipo mais agressivo da doença conhecido como BCR-ABL1-like. No entanto, os valores de expressão gênica são normalizados por uma mesma massa de RNA e não por um mesmo número de células. Ou seja, desconsidera-se o fato de diferentes tumores/leucemias terem volume celular diferente, logo, quantidade de RNA por célula também variável, o que pode levar a resultados não condizentes com a realidade. Por conta disso, é possível que tenha se perdido informação importante. Neste trabalho pretendemos desenvolver um método de normalização de dados de expressão gênica de acordo com o volume celular. Para isso faremos uso de dados de microarranjos de 143 casos de LLA (B-derivada e LLA-T), para as quais também temos estimativa de tamanho aferido no citômetro de fluxo. Feita a nova normalização, refaremos a caracterização dos diferentes tipos moleculares de LLA, buscando genes típicos de cada grupo e genes associados com a resposta clínica dos pacientes. (AU)