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Atuação de piwiRNAs no silenciamento de elementos transponíveis na presença do cromossomo B de Astatotilapia latifasciata (Cichlidae)

Processo: 17/25193-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2018
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:César Martins
Beneficiário:Jordana Inácio Nascimento Oliveira
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/16661-1 - Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica, AP.TEM
Assunto(s):Elementos de DNA transponíveis   RNA interferente pequeno   Cromossomos B   Ciclídeos   Astatotilapia latifasciata   Genômica funcional

Resumo

Os cromossomos supernumerários B (Bs) são encontrados em uma variedade de organismos eucariotos, não seguem os padrões de segregação de herança mendeliana e possuem seu próprio mecanismo de transmissão (drive), que é pouco compreendido do ponto de vista molecular. A constituição genômica dos Bs revela um mosaico de sequências, que inclui DNA repetitivos, genes e pseudogenes. Estudos têm relacionado esse elemento a diversas funções, como variabilidade gênica entre populações, efeitos na fertilidade, adaptação e ponte evolutiva para a origem de cromossomos sexuais. Sabe-se que no ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata o cromossomo B é enriquecido de sequências de DNA repetitivo, principalmente elementos transponíveis (TEs), sendo alguns deles diferencialmente expressos. Adicionalmente, dados em larga escala de transcriptomas e microRNomas para esse ciclídeo tem revelado atividade transcricional diferencial entresexos e, ainda, entre indivíduos B- e B+. Adicionalmente, foi identificada cópia do gene pld6 com alta integridade no cromossomo B. Este gene participa da biogênese de piwiRNAs (piRNAs), responsáveis por silenciar elementos transponíveis e garantir a integridade do genoma em gônadas. Sabendo que tanto TEs como cromossomos B são conhecidos como elementos egoístas sugere-se que a atividade dos piRNAs seja diferentemente regulada na presença do B. Desta forma, as perspectivas para investigação sob o foco funcional mostram-se bastante promissoras para o entendimento do comportamento e influências desse cromossomo no ambiente celular. Este trabalho propõe investigar a atividade de piRNAs e TEs em gônadas de A. latifasciata na presença do cromossomo B. Para isso, usando os dados já existentes de transcriptoma, sequenciamento de pequenos RNAs e genomas de A. latifasciata, será feita análise in silico da predição, expressão dos piRNAs e proteínas relacionadas à biogênese de piRNAs, e transposição. Posteriormente, os resultados obtidos in silico serão validados através de ensaios de expressão e localização celular. (AU)