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Sequenciamento amplo do genoma de raças zebuínas e brasileiras localmente adaptadas para a identificação de assinaturas de seleção

Processo: 17/27148-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2018
Vigência (Término): 31 de agosto de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Elisa Peripolli
Supervisor no Exterior: Henner Simianer
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : Göttingen University, Alemanha  
Vinculado à bolsa:16/24084-7 - Identificação de assinaturas de seleção e variações estruturais a partir de dados sequenciados em animais zebuínos e taurinos localmente adapatados, BP.DR
Assunto(s):Melhoramento genético animal   Adaptação animal   Bos taurus indicus   Gado Zebu

Resumo

É notável que grandes esforços tenham sidos feitos para melhorar o entendimento a respeito de raças localmente adaptadas distribuídas por diversas regiões. Um melhor entendimento a respeito das diferenças genéticas existentes entre essas raças proporciona uma fonte de informações que levam a descoberta e validação de regiões genômicas que controlam características importantes. O objetivo deste estudo é descrever os principais efeitos da seleção e adaptação em animais zebuínos e em raças brasileiras localmente adaptadas por meio do uso de assinaturas de seleção e de dados sequenciados. Dados sequenciados de animais da raça Sindi (n=11), Caracú Caldeano (n=10) e Crioulo Lageano (n=10) fornecidos pela Embrapa Gado de Leite - Juiz de Fora serão utilizados. O controle de qualidade dos arquivos FASTQ será feito por meio do software FASTQC 0.11.5. As reads serão alinhadas ao genoma de referência (UMD3.1) usando o software BWA 7.15 e convertidas em formato binário usando o SAMtools 1.6. Os animais sequenciados serão utilizados como população referência para a imputação. Animais genotipados com o painel da Illumina BovineHD BeadChip da raça Sindi (n = 60), Caracú Caldeano (n = 60) e Crioulo Lageano (n = 30) disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite - Juiz de Fora serão utilizados como a população de validação. As assinaturas de seleção serão identificadas pela estatística "De-correlated composite of multiple signals", que combina os resultados de vários testes complementares. Diferentes estatísticas de assinaturas de seleção elementares serão computadas para cada posição ou janela de SNP. Uma região de assinatura de seleção será assumida se pelo menos um SNP dentro de uma janela de 500 kb em torno do locus selecionado exceder o limiar de significância empírica de 5% da taxa de falso positivo. O Map Viewer do genoma bovino UMD3.1.1 será usado para identificação de genes dentro dessas regiões significativas. A ferramenta DAVID v6.8 será usada para identificar os termos da Ontologia do gene (GO) e as vias metabólicas (KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) usando a lista de genes localizados nas regiões significativas. Os resultados obtidos neste estudo permitirão uma melhor caracterização das raças zebuínas e brasileiras localmente adaptadas, permitindo usá-las mais profundamente como um reservatório genético no banco de germoplasma frente as mudanças climáticas e adaptativas. (AU)