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Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadores

Processo: 17/18246-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de abril de 2018
Vigência (Término): 31 de outubro de 2021
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Pedro Alexandre Favoretto Galante
Beneficiário:Felipe Rodolfo Camargo dos Santos
Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):19/26582-2 - Uma caracterização essencial da expressão e regulação de RNAs longos não codificadores intragênicos, BE.EP.DD
Assunto(s):Biologia computacional   Biogênese   RNA longo não codificante   Processamento alternativo   Transcriptoma
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:lncRNA | RNA não codificante | Splicing alternativo | transcriptoma | Bioinformática

Resumo

O controle da expressão gênica vem se mostrando um processo extremamente complexo e interligado a diversos elementos celulares e moleculares em cis e em trans. Atualmente seu entendimento é impulsionado pelo desenvolvimento científico e metodológico, sobretudo com a recente revolução dos métodos de sequenciamento de DNA/RNA e pelas análises mais precisas e poderosas de bioinformática. Genes colocalizados em relação a posição genômica podem apresentar relações regulatórias de biogênese, de função, de expressão e de conservação. A combinação de tais características é complexa e deve ser analisada de maneira integrada e ampla, o que torna a abordagem computacional essencial neste tipo de estudo. Em mamíferos, tal relação é enriquecida tratando-se de genes codificadores e RNAs não codificantes. As classes mais significativas e numerosas em termos de colocalização de genes não codificadores/codificadores são os miRNAs (~60%) e os snoRNAs (~90%). Porém, muito pouco foi estudado a respeito dos lncRNAs (RNAs não codificadores maiores de 200 nucleotídeos) intragênicos, apesar de estudos recentes indicarem que eles apresentam um papel funcional muito importante e que alguns exemplares estão colocalizados com outros genes (em humanos). Nesse projeto, pretendemos analisar os RNA não codificadores longos (lncRNAs) colocalizados (sobretudo em íntrons) de genes codificadores. De maneira mais detalhada, pretendemos: i) caracterizar sistematicamente esses lncRNAs intragênicos; ii) estudar algumas de suas características evolutivas; iii) estudar a expressão e possível coexpressão desse lncRNAs e seus genes hospedeiros; iv) e explorar a ocorrência de splicing alternativo em regiões gênicas contendo esses lncRNAs. As análises de expressão e splicing alternativo serão feitas também em um contexto de diversos tecidos humanos saudáveis versus tecidos tumorais. De maneira geral, no final desse projeto esperamos dar uma contribuição significativa para entendermos mais profundamente diversas características dessa classe tão importante de RNAs não codificadores. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE SOUZA, ANACLETO SILVA; AMORIM, VITOR MARTINS DE FREITAS; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FELIPE R. C.; DOS SANTOS, FILIPE F.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; JUVENAL, GUILHERME DE ARAUJO; HUANG, YIHUA; GE, PINGJU; JIANG, YINAN; et al. Molecular Dynamics Analysis of Fast-Spreading Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants and Their Effects on the Interaction with Human Angiotensin-Converting Enzyme 2. ACS OMEGA, v. 7, n. 35, p. 10-pg., . (20/06091-1, 17/18246-7, 17/19541-2, 20/04680-0, 19/00195-2, 16/09047-8, 18/15579-8, 18/07366-4, 20/14158-9)
DE SOUZA, ANACLETO SILVA; DE FREITAS AMORIM, VITOR MARTINS; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FILIPE F.; ULRICH, HENNING; GALANTE, PEDRO A. F.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants of Concern: A Perspective for Emerging More Transmissible and Vaccine-Resistant Strains. Viruses-Basel, v. 14, n. 4, p. 21-pg., . (18/07366-4, 20/06091-1, 19/00195-2, 16/09047-8, 20/14158-9, 20/04680-0, 17/18246-7, 17/19541-2, 18/15579-8)
DOS SANTOS, FELIPE R. C.; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FILIPE F.; OHARA, DANIEL T.; GALANTE, PEDRO A. F.. Reboot: a straightforward approach to identify genes and splicing isoforms associated with cancer patient prognosis. NAR CANCER, v. 3, n. 2, p. 15-pg., . (17/18246-7, 18/15579-8, 17/19541-2, 17/17974-9)

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