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Análise genômica de espécies crípticas de Aspergillus

Processo: 17/21983-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2018
Vigência (Término): 30 de novembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Gustavo Henrique Goldman
Beneficiário:Renato Augusto Corrêa dos Santos
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):19/07526-4 - Variação genética de clusters de metabólitos secundários em isolados clínicos de espécies crípticas do complexo Aspergillus fumigatus (seção Fumigati), BE.EP.DR
Assunto(s):Aspergillus   Genômica

Resumo

Aspergillus é um gênero de fungos filamentosos industrialmente importantes, empregados na produção de ácidos, enzimas, agentes anticâncer e metabólitos secundários. No entanto, estes fungos são também importantes devido ao impacto na saúde humana. Aspergillus fumigatus, um patógeno presente no ambiente e no ar, e o oportunista mais comum em infecção pulmonar, é o agente causador de Aspergilose Invasiva. A. nidulans, um organismo referência, também tem sido reportado infectando pacientes imunocomprometidos, em particular com doença granulomatosa crônica. O aumento da resistência aos poucos antifúngicos disponíveis, como azois e equinocandinas, é uma preocupação global. Além destas duas espécies, espécies crípticas que são morfologicamente indistinguíveis de A. fumigatus e A. nidulans, mas geneticamente diferentes (e podendo ser distinguidas usando métodos moleculares), têm sido reportadas em casos clínicos. O exemplo mais notável de tais espécies crípticas é o A. lentulus, para o qual resistência a drogas já foi reportada. Estudos de Sequenciamento Total de Genoma podem ser realizados para a caracterização genotípica de fungos e para ter insights sobre seus modos reprodutivos, seja sexual, assexual ou parassexual. Adicionalmente, eles podem ser realizados para caracterização de alterações de ploidia, de aneuploidia, hibridizações e perda de heterozigosidade. Apesar do amplo estudo genômico em espécies do gênero, nenhum trabalho publicado até o momento analisou genomas de espécies crípticas de Aspergillus. Nosso grupo caracterizou isolados clínicos de A. nidulans que apresentaram diferentes ploidias e suas sequências genômicas revelaram baixas taxas de mapeamento (30 a 70 por cento) no genoma de referência, A. nidulans A4, sugerindo que eles poderiam ser possíveis híbridos. Este projeto pretende caracterizar os genomas de espécies crípticas de Aspergillus isolados de amostras ambientais e de casos clínicos de diversas regiões do mundo, para os quais o método EUCAST (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) foi usado para caracterizar a resistência a antifúngicos. Em particular, serão buscados: i) genes envolvidos com a reprodução sexuada, ii) possíveis eventos genéticos, como alteração de ploidia, hibridização e perda de heterozigosidade, e iii) genes previamente caracterizados no envolvimento da resistência a antifúngicos. Espera-se que a caracterização genômica das espécies crípticas forneça informação para concluir se elas são espécies verdadeiras ou resultados de eventos de hibridização interespecífica. Adicionalmente, espera-se que uma melhor caracterização genômica auxilie na diferenciação de espécies crípticas e seja importante para guiar terapia clínica.

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DOS SANTOS, RENATO A. C.; STEENWYK, JACOB L.; RIVERO-MENENDEZ, OLGA; MEAD, MATTHEW E.; SILVA, LILIAN P.; BASTOS, RAFAEL W.; ALASTRUEY-LZQUIERDO, ANA; GOLDMAN, GUSTAVO H.; ROKAS, ANTONIS. Genomic and Phenotypic Heterogeneity of Clinical Isolates of the Human Pathogens Aspergillus fumigatus, Aspergillus lentulus, and Aspergillus fumigatiaffinis. FRONTIERS IN GENETICS, v. 11, . (17/21983-3, 16/07870-9)
STEENWYK, JACOB L.; MEAD, MATTHEW E.; DE CASTRO, PATRICIA ALVES; VALERO, CLARA; DAMASIO, ANDRE; DOS SANTOS, RENATO A. C.; LABELLA, ABIGAIL L.; LI, YUANNING; KNOWLES, SONJA L.; RAJA, HUZEFA A.; et al. Genomic and Phenotypic Analysis of COVID-19-Associated Pulmonary Aspergillosis Isolates of Aspergillus fumigatus. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 9, n. 1, . (19/07526-4, 17/21983-3, 18/00715-3)
ZUVANOV, LUIZA; BASSO GARCIA, ANA LETYCIA; CORRER, FERNANDO HENRIQUE; BIZARRIA JR, RODOLFO; DA COSTA FILHO, AILTON PEREIRA; DA COSTA, ALISSON HAYASI; THOMAZ, ANDREA T.; MENDES PINHEIRO, ANA LUCIA; RIANO-PACHON, DIEGO MAURICIO; WINCK, FLAVIA VISCHI; et al. he experience of teaching introductory programming skills to bioscientists in Brazi. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 17, n. 11, . (17/21983-3, 19/10727-1, 15/03541-8, 20/02084-0, 19/24412-2, 17/10373-0, 19/07526-4, 20/04437-8)
RIES, LAURE N. A.; PARDESHI, LAKHANSING; DONG, ZHICLIANG; TAN, KAELING; STEENWYK, JACOB L.; COLABARDINI, ANA CRISTINA; FERREIRA FILHO, JAIRE A.; DE CASTRO, PATRICIA A.; SILVA, LILIAN P.; PREITE, NYCOLAS W.; et al. The Aspergillus fumigatus transcription factor RglT is important for gliotoxin biosynthesis and self-protection, and virulence. PLOS PATHOGENS, v. 16, n. 7, . (17/14159-2, 17/21983-3, 18/25217-6, 17/07536-4, 17/01188-4, 13/50954-0, 14/00789-6, 13/07937-8, 16/07870-9, 19/09278-8, 16/03322-7)
CORREA DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO; RIVERO-MENENDEZ, OLGA; STEENWYK, JACOB L.; MEAD, MATTHEW E.; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE; ALASTRUEY-IZQUIERDO, ANA; ROKAS, ANTONIS. Draft Genome Sequences of Four Aspergillus Section Fumigati Clinical Strains. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 9, n. 40, . (17/21983-3, 16/07870-9, 19/07526-4)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SANTOS, Renato Augusto Corrêa dos. Genomic analysis of Aspergillus cryptic species. 2021. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.

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