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Anotação taxonômica de sequências de cDNA obtidas em larga escala a partir de genes funcionais microbianos associados com metanogênese e metanotrofia recuperadas de áreas inundáveis da Amazônia

Processo: 18/02277-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 01 de maio de 2018
Vigência (Término): 31 de julho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
Pesquisador responsável:Acacio Aparecido Navarrete
Beneficiário:Marília de Souza Bento
Supervisor no Exterior: Paulus Bodelier
Instituição-sede: Centro de Ciências e Tecnologias para a Sustentabilidade (CCTS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba, SP, Brasil
Local de pesquisa : Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences, Holanda  
Vinculado à bolsa:17/06415-9 - Dinâmica seca-inundação de comunidades microbianas metanogênicas e metanotróficas em planícies aluviais dos Rios Negro e Solimões na Amazônia Brasileira, BP.MS
Assunto(s):Ecologia microbiana

Resumo

O principal objetivo deste estágio de pesquisa no exterior é aplicar abordagens computacionais para pré-processamento e anotação de sequências de mRNA de micro-organismos ativos associados à produção e consumo de metano (metanogênese e metanotrofia) recuperadas de áreas alagáveis naturais e agrícolas em planícies de inundação de rios amazônicos de águas barrentas (rio Solimões), negras (rio Negro) e claras (rio Tocantins) na estação seca. O programa Mothur (v 1.3.3) será utilizado para junção das leituras de mRNA obtidas por sequenciamento bidirecional. Os 'contigs' montados serão então ordenados de acordo com seu comprimento e na correspondência com os primers (d 2 erros), espaçador (d 2 erros) e 'barcodes' (d 1 erro). Barcodes, primers e espaçador serão removidos. O programa USEARCH 6.0 será utilizado para remover as leituras quiméricas putativas. As sequências de nucleotídeos serão convertidas em sequências de cDNA dos respectivos genes funcionais e as alterações nos quadros de leitura serão corrigidas usando o programa FRAMEBOT. As sequências dos genes mcrA, pmoA, pmoA2, mmoX, mcrA (metanotróficas dependentes de nitrato) e 16S rRNA (filo bacteriano NC10) serão alinhadas e agrupadas em Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) com 89%, 93%, 93% 89%, 89% e 97% de 'cut-off' de identidade, respectivamente. Três atividades diferentes compõem o plano de trabalho: (i) pré-processamento de sequências de mRNA; (ii) agrupamento OTUs e anotação taxonômica, (iii) normalização dos dados de sequências e métricas ecológicas, e (iv) interpretação ecológica dos resultados.