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Revelando a diversidade genética de espécies de Rhizophora do Hemisfério Ocidental e do sul do Pacífico utilizando RAD-seq

Processo: 18/02655-8
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de maio de 2018
Vigência (Término): 25 de julho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Gustavo Maruyama Mori
Beneficiário:Andre Guilherme Madeira
Supervisor no Exterior: Yoshiaki Tsuda
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB-CLP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus Experimental do Litoral Paulista. São Vicente , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Tsukuba, Japão  
Vinculado à bolsa:17/12920-8 - Delimitação de espécies do gênero Rhizophora do Hemisfério Ocidental e sul do Pacífico, BP.IC
Assunto(s):Biologia do desenvolvimento   Biologia computacional   Técnicas de genotipagem   Análise de sequência de DNA   Rhizophoraceae

Resumo

O campo de Ecologia Molecular se beneficiou enormemente com o desenvolvimento do sequenciamento de nova geração. Atualmente, é possível se obter uma quantidade enorme de dados genéticos de modo mais rápido e barato do que há uma década. Isso permite a pesquisadores acessar de centenas a milhares de marcadores baseados em polimorfismo de nucleotídeo único (do inglês, SNP) e, desta forma, responder diversas perguntas em Ecologia e Evolução. Diversos métodos foram desenvolvidos para identificar e genotipar uma grande quantidade de SNPs, cada um com suas aplicações e limitações. Sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição (do inglês, RAD-seq) é um método amplamente utilizado, capaz de gerar milhares de marcadores, mas que demanda grandes quantidades de DNA de alta pureza. Já a genotipagem por sequenciamento de regiões-inter-microssatélites (do inglês, MIG-seq) permite que se trabalhe com pequenas quantidades de DNA de menor pureza e com certo nível de degradação, mas gera uma menor quantidade de SNPs. Em nosso projeto de iniciação científica no Brasil, utilizamos dados oriundos de MIG-seq para delimitar os limites entre espécies dentro do complexo de espécies do gênero de árvores de mangue Rhizophora do hemisfério ocidental e do sul do Pacífico. Este complexo de espécies, composto por R. mangle e R. racemosa, bem como o híbrido putativo R. X harrisonii, apresenta uma história evolutiva intrincada com influências de isolamento geográfico, hibridação e introgressão interespecífica. Nesta proposta, nosso objetivo é complementar o dataset baseado em MIG-seq com dados obtidos por RAD-seq, aumentando a quantidade de marcadores genéticos disponíveis, o que poderá tornar as análises subsequentes mais robustas. Identificaremos e genotiparemos SNPs utilizando dois métodos: pyRAD e STACKS. Ao utilizar essas duas abordagens, conseguiremos explorar melhor nossos dados bem como estimar parâmetros de Genética de Populações relevantes para descrever esse complexo de espécies. (AU)

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