Revelando a diversidade genética de espécies de Rhizophora do Hemisfério Ocidental e do sul do Pacífico utilizando RAD-seq

• Processo: 18/02655-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
• Vigência (Início): 01 de maio de 2018
• Vigência (Término): 25 de julho de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Gustavo Maruyama Mori
• Beneficiário: Andre Guilherme Madeira
• Supervisor: Yoshiaki Tsuda
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB-CLP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus Experimental do Litoral Paulista. São Vicente , SP, Brasil
• Local de pesquisa: University of Tsukuba, Japão
• Vinculado à bolsa: 17/12920-8 - Delimitação de espécies do gênero Rhizophora do Hemisfério Ocidental e sul do Pacífico, BP.IC
• Assunto(s): Biologia do desenvolvimento Biologia computacional Técnicas de genotipagem Análise de sequência de DNA Rhizophoraceae
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Genotipagem por Sequenciamento | mangue | Rhizophoraceae | Biologia Evolutiva

Resumo

O campo de Ecologia Molecular se beneficiou enormemente com o desenvolvimento do sequenciamento de nova geração. Atualmente, é possível se obter uma quantidade enorme de dados genéticos de modo mais rápido e barato do que há uma década. Isso permite a pesquisadores acessar de centenas a milhares de marcadores baseados em polimorfismo de nucleotídeo único (do inglês, SNP) e, desta forma, responder diversas perguntas em Ecologia e Evolução. Diversos métodos foram desenvolvidos para identificar e genotipar uma grande quantidade de SNPs, cada um com suas aplicações e limitações. Sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição (do inglês, RAD-seq) é um método amplamente utilizado, capaz de gerar milhares de marcadores, mas que demanda grandes quantidades de DNA de alta pureza. Já a genotipagem por sequenciamento de regiões-inter-microssatélites (do inglês, MIG-seq) permite que se trabalhe com pequenas quantidades de DNA de menor pureza e com certo nível de degradação, mas gera uma menor quantidade de SNPs. Em nosso projeto de iniciação científica no Brasil, utilizamos dados oriundos de MIG-seq para delimitar os limites entre espécies dentro do complexo de espécies do gênero de árvores de mangue Rhizophora do hemisfério ocidental e do sul do Pacífico. Este complexo de espécies, composto por R. mangle e R. racemosa, bem como o híbrido putativo R. X harrisonii, apresenta uma história evolutiva intrincada com influências de isolamento geográfico, hibridação e introgressão interespecífica. Nesta proposta, nosso objetivo é complementar o dataset baseado em MIG-seq com dados obtidos por RAD-seq, aumentando a quantidade de marcadores genéticos disponíveis, o que poderá tornar as análises subsequentes mais robustas. Identificaremos e genotiparemos SNPs utilizando dois métodos: pyRAD e STACKS. Ao utilizar essas duas abordagens, conseguiremos explorar melhor nossos dados bem como estimar parâmetros de Genética de Populações relevantes para descrever esse complexo de espécies. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MORI, GUSTAVO MARUYAMA; MADEIRA, ANDRE GUILHERME; CRUZ, MARIANA VARGAS; TSUDA, YOSHIAKI; TAKAYAMA, KOJI; MATSUKI, YU; SUYAMA, YOSHIHISA; IWASAKI, TAKAYA; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; et al. Testing species hypotheses in the mangrove genus Rhizophora from the Western hemisphere and South Pacific islands. ESTUARINE COASTAL AND SHELF SCIENCE, v. 248, n. SI, JAN 5 2021. (13/26793-7, 13/08086-1, 17/12920-8, 18/02655-8, 14/22821-9)

MADEIRA, ANDRE GUILHERME; TSUDA, YOSHIAKI; NAGANO, YUKIO; IWASAKI, TAKAYA; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; KAJITA, TADASHI; MORI, GUSTAVO MARUYAMA. The role of oceanic currents in the dispersal and connectivity of the mangrove Rhizophora mangle on the Southwest Atlantic region. MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, v. N/A, p. 16-pg., 2023-05-12. (14/22821-9, 18/02655-8, 20/07967-8, 13/08086-1)