Busca avançada
Ano de início
Entree

Padrão de expressão de genes candidatos a RGAs durante a infecção com vários patógenos

Processo: 18/04555-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2018
Situação:Interrompido
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Claudia Barros Monteiro Vitorello
Beneficiário:Hugo Rody Vianna Silva
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):19/13530-4 - Modelagem, análise, e comparação de múltiplas redes metabólicas de cana-de-açúcar para investigar os mecanismos de progressão da doença do carvão, BE.EP.PD
Assunto(s):Fitopatógenos   Expressão gênica   Alelos   Resistência à doença   Cana-de-açúcar   Carvão (doença de planta)   Reação em cadeia por polimerase (PCR)

Resumo

Durante o curso da investigação do patosistema carvão-cana-de-açúcar usando uma abordagem transcriptômica, os análogos de genes de resistência foram identificados como diferencialmente expressos (Schaker et al., 2016). Uma análise detalhada revelou que alguns desses genes são candidatos fortes para serem associados ao estabelecimento da doença na cana-de-açúcar. Este trabalho anterior forneceu um conjunto de sequências PacBio de transcritos completos de cana-de-açúcar e um segundo conjunto de transcritos de comprimento curto obtidos pelo sequenciamento de Illumina. O presente projeto é desenvolver um banco de dados contendo uma combinação desses dados de sequenciamento combinando Illumina e PacBio sequenciados para definir melhor um conjunto de transcritos de cana-de-açúcar usando a variedade 'RB925345' como modelo. Os dados serão então usados para pesquisar potenciais cópias e/ou alelos de RGAs. Os resultados serão validados usando técnicas de qPCR para identificar o número de cópias de genes e também fornecer um perfil de expressão de cada RGAs quando a planta é desafiada com diferentes agentes patogênicos (Sporisorium scitaminuem, Leifsonia xyli, Xanthomonas albilineans) e endófitos (Gluconacetobacer). Perguntas que serão respondidas: 1) Existe uma combinação específica de expressão de RGAs para cada detecção de patógenos?; 2) Existe um caminho comum em relação à expressão RGA?; 3) Existem diferenças entre a expressão de RGAs em variedades de cana-de-açúcar conhecidas como suscetíveis ou resistentes à queda ou apresentando resistência intermediária? (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
RODY, HUGO V. S.; BOMBARDELLI, RENATO G. H.; CRESTE, SILVANA; CAMARGO, LUIS E. A.; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA B. Genome survey of resistance gene analogs in sugarcane: genomic features and differential expression of the innate immune system from a smut-resistant genotype. BMC Genomics, v. 20, n. 1 NOV 6 2019. Citações Web of Science: 0.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.