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Análise de dados por imputação de sequenciamento de baixa cobertura: detecção de marcadores e genética populacional

Processo: 18/07406-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2018
Vigência (Término): 30 de abril de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Parasitologia - Entomologia e Malacologia de Parasitos e Vetores
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Paulo Eduardo Martins Ribolla
Beneficiário:Marcus Vinicius Niz Alvarez
Instituição-sede: Instituto de Biotecnologia (IBTEC). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Genética populacional   Anopheles darlingi   Malária

Resumo

Projetos que demandam por sequenciamento de genoma completo (WGS) em larga escala são muitas vezes impraticáveis devido ao custo da técnica quando aplicada em grande quantidade amostral. Sendo assim, estudos são necessários para encontrar novas estratégias viáveis e de baixo custo que podem ser adotadas para contornar a situação. O objetivo desse projeto será estudar diferentes métodos de obtenção de informações genômicas a partir de WGS de extrema-baixa cobertura (EXL-WGS) para estudo de populações. Larvas e adultos de Anopheles Darlingi em diferentes condições foram coletados no município de Mâncio Lima - AC. O protocolo de Nextera XT (Illumina) foi realizado com 1/5 do volume sugerido pelo protocolo padrão e o DNA sequenciado pelo NextSeq500 (Ilumina). Será realizado genotipagem por sequenciamento e imputação dos marcadores para estudo populacional, correlacionando com diferentes condições de coleta, tais como horário e localização da captura. (AU)

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
ALVAREZ, Marcus Vinicius Niz. Análise de dados por imputação de sequenciamento de baixa cobertura Seleção de marcadores e genética populacional.. 2020. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu)..

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