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Apoio bioinformático aos projetos de análise de expressão gênica diferencial do CeTICS

Processo: 18/08167-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de junho de 2018
Vigência (Término): 30 de novembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
Beneficiário:André Nicolau Aquime Gonçalves
Instituição-sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
Assunto(s):Biologia computacional   Expressão gênica   Análise de sequência de RNA   Linguagem de programação   Análise de dados   Análise estatística de dados

Resumo

Na atual fase de transição, o CeTICS tem como foco principal os estudos dos efeitos de venenos e toxinas em culturas de células ou organismos inteiros. A maior parte desses estudos, coordenados por diferentes PIs, envolve a análise quantitativa de dados de expressão gênica gerados por RNAseq, todos utilizando intensamente a plataforma de sequenciamento de Nova Geração em operação no CeTICS. Outros projetos de análise de expressão gênica diferencial em amostras de pacientes infectados com vírus da Dengue e Chikungunya também estão em desenvolvimento no laboratório, em colaboração com outros grupos do I. Butantan e da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP. O big data gerado nesses projetos passa por intensa manipulação nos servidores primários (acoplado aos sequenciadores) e secundários (onde se realizam as analises especificas de cada projeto). Tanto as atividades nos servidores primários como principalmente aquelas dos servidores secundários demandam o uso de ferramentas e scripts bioinformáticos específicos, muitas vezes desenvolvidos sob demanda em ambiente Linux. Mais do que isso, a interpretação do significado biológico das variações na expressão gênica depende de análises estatísticas e de produção gráfica em linguagem R e python, que tem se mostrado na prática um fator limitante aos alunos e pesquisadores envolvidos, os quais não dominam tais linguagens. A disponibilidade de um Técnico de Treinamento apto a executar as tarefas bioinformáticas básicas, mas que também compreenda o contexto biológico da pesquisa de forma a auxiliar na análise de dados e então fundamental para resolver essa limitação. (AU)