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Mapeamento de regiões genômicas e identificação de genes candidatos associados à resposta do feijoeiro comum ao nematóide de galhas (Meloidogyne incógnita)

Processo: 18/09069-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2018
Vigência (Término): 29 de fevereiro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
Pesquisador responsável:Maria Lúcia Carneiro Vieira
Beneficiário:Willian Giordani
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Análise de sequência de RNA   Phaseolus vulgaris   Nematologia   Estudo de associação genômica ampla   Resistência genética

Resumo

Os ataques por fitonematoides estão entre os principais problemas fitossanitários do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris), com destaque para os nematoides de galhas (Meloidogyne spp.), possivelmente as pragas agrícolas de maior distribuição geográfica, e particularmente à espécie M. incognita, tida como um dos patógenos de maior prejuízo econômico. As alternativas de controle envolvem práticas inviáveis a campo, enfatizando a necessidade do desenvolvimento de cultivares resistentes/tolerantes. Para o feijoeiro a obtenção dessas cultivares é especialmente difícil, já que apesar da disponibilidade de técnicas genético-moleculares, pouco foi realizado visando contribuir para o entendimento dos mecanismos envolvidos na resposta da cultura aos nematoides de galhas. Nesse contexto, o presente projeto tem como objetivo detectar, via mapeamento associativo, regiões genômicas associadas à resposta do feijoeiro a M. incognita, bem como identificar genes candidatos em bibliotecas de RNA-Seq (SANTINI, 2015) e via qRT-PCR. Para o mapeamento associativo, será utilizado um painel composto por 180 genótipos de uma core collection do BAG do IAC, previamente genotipados pela metodologia de GBS, que permitiu identificar 82.680 SNPs (DINIZ, 2016). Uma vez mapeadas as regiões genômicas associadas, serão utilizadas bibliotecas de RNA-Seq, obtidas aos quatro e 10 DAI (SANTINI et al., 2015), para verificar a expressão e selecionar genes candidatos. A expressão desses genes será confirmada, via qRT-PCR, em genótipos extremos do painel. Espera-se assim, apontar SNPs para a discriminação de genótipos relativamente à resposta a M. incognita, contribuindo para a seleção em programas de melhoramento, bem como identificar genes que possam ser validados em análises funcionais e eventualmente usados em ensaios de edição genômica.