Uma triagem virtual de pequenos ligantes para estabilizar ou inibir a interação NETs-hRSV

• Processo: 18/20562-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2018
• Data de Término da vigência: 01 de março de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Matemática - Matemática Aplicada
• Pesquisador responsável: Juliana de Oliveira
• Beneficiário: Gabriel Soares da Silva
• Supervisor: Ruben Abagyan
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências e Letras (FCL-ASSIS). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Assis. Assis , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of California, San Diego (UC San Diego), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 17/12395-0 - Um estudo de docking molecular das interações entre as proteínas das NETs e a proteína F do vírus hRSV, BP.IC
• Assunto(s): Biologia computacional Vírus sincicial respiratório humano Armadilhas extracelulares
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Binding Pockets | bioinformatics | molecular docking | neutrophil extracellular traps | Respiratory Syncytial Virus | Bioinformática

Resumo

O objetivo do projeto é identificar as proteínas do Vírus Sincicial Respiratório humano (hRSV) interagindo com proteínas humanas e direcionar essas interações para fins terapêuticos. Isso será conduzido na Universidade de San Diego, no laboratório do professor Ruben Abagyan, na Escola Skaggs de Farmácia e Ciências Farmacêuticas e no Centro de Supercomputadores de San Diego. As estruturas da proteína F do hRSV envolvidas nas interações com as proteínas das NETs (Neutrophil Extracellular Traps) e estruturas das proteínas ligantes serão refinadas e os conjuntos conformacionais serão gerados. As proteínas serão estudadas para interfaces de interação proteína-proteína. As interfaces também serão estudadas para potenciais bolsões de ligação a pequenas moléculas, a fim de identificar pequenas moléculas por meio de um rastreamento de docking contra um grande banco de dados de produtos químicos disponíveis (banco de dados ZINC e o banco de dados Enamine REAL podem ser usados como catálogos químicos). O encaixe será realizado com o programa Internal Coordinate Mechanics (ICM) disponível no laboratório. As moléculas priorizadas serão testadas experimentalmente quanto ao efeito sobre as interações proteína-proteína entre as proteínas hRSV e NET. (AU)