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Visualização do relevo de superfícies de energia de macromoléculas biológicas

Processo: 18/18668-1
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Pesquisa
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2019
Vigência (Término): 30 de junho de 2019
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Física
Pesquisador responsável:Vitor Barbanti Pereira Leite
Beneficiário:Vitor Barbanti Pereira Leite
Anfitrião: José Nelson Onuchic
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Local de pesquisa : Rice University, Estados Unidos  
Assunto(s):Biofísica   Cromatina   Dobramento de proteína   Energia de superfície   Macromolécula

Resumo

A abordagem do relevo de superfícies de energia (energy landscapes) tem contribuído significativamente para o entendimento de sistemas moleculares complexos, tais como o problema do enovelamento de proteína. Neste cenário, modelos minimalistas e simplificados têm desempenhado um papel fundamental. Este projeto será focado em macromoléculas biológicas, em que estudaremos o energy landscape de proteínas e cromatinas utilizando modelos computacionais simplificados (coarse-grained models) e abordagens de física estatística. A ideia central está relacionada à visualização da superfície de energia explorando uma técnica desenvolvida pelo nosso grupo no IBILCE-UNESP. Este método, chamado Energy Landscape Visualization Method (ELViM), foi concebido para visualização do funil de enovelamento de proteínas, e apresenta grande potencial de detalhamento dos mecanismos moleculares por ir além da representação unidimensional. Estenderemos esta metodologia para ser aplicada a sistemas mais complexos e desafiadores. Os tópicos a serem abordados são: (i) visualização das superfícies de energia de proteínas sem estrutura nativa definida, que são as proteínas intrinsecamente desordenadas (IDPs); (ii) visualização das superfícies de energia de proteínas envolvendo nós topológicos e envolvendo backtracking e (iii) estudo de cromatinas. Paralelamente a estes objetivos específicos, parcerias de colaboração de longo prazo também deverão ser elaboradas. (AU)

Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DA SILVA, FERNANDO B.; DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; SANCHES, MURILO N.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; LEITE, VITOR B. P. Rational Design of Chymotrypsin Inhibitor 2 by Optimizing Non-Native Interactions. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 982-988, FEB 2020. Citações Web of Science: 1.
MOURO, PAULO R.; POVINELLI, ANA P. R.; LEITE, VITOR B. P.; CHAHINE, JORGE. Exploring Folding Aspects of Monomeric Superoxide Dismutase. Journal of Physical Chemistry B, v. 124, n. 4, p. 650-661, JAN 30 2020. Citações Web of Science: 0.
DODERO-ROJAS, ESTEBAN; FERREIRA, LUIZA G.; LEITE, VITOR B. P.; ONUCHIC, JOSE N.; CONTESSOTO, VINICIUS G. Modeling Chikungunya control strategies and Mayaro potential outbreak in the city of Rio de Janeiro. PLoS One, v. 15, n. 1 JAN 28 2020. Citações Web of Science: 0.
DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; CAETANO, DANIEL L. Z.; DA SILVA, FERNANDO B.; MOURO, PAULO R.; DE OLIVEIRA, JR., ANTONIO B.; DE CARVALHO, SIDNEY J.; LEITE, VITOR B. P. pH and Charged Mutations Modulate Cold Shock Protein Folding and Stability: A Constant pH Monte Carlo Study. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 16, n. 1, p. 765-772, JAN 2020. Citações Web of Science: 0.
OLIVEIRA, JR., ANTONIO B.; YANG, HUAN; WHITFORD, PAUL C.; LEITE, VITOR B. P. Distinguishing Biomolecular Pathways and Metastable States. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 15, n. 11, p. 6482-6490, NOV 2019. Citações Web of Science: 1.
YANG, HUAN; BANDARKAR, PRASAD; HORNE, RANSOM; LEITE, VITOR B. P.; CHAHINE, JORGE; WHITFORD, PAUL C. Diffusion of tRNA inside the ribosome is position-dependent. Journal of Chemical Physics, v. 151, n. 8 AUG 28 2019. Citações Web of Science: 0.

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