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Análise genômica do roedor Holochilus sciureus (Cricetidae: Sigmodontinae: Oryzomyini) com ênfase na interface entre Cromossomos B e sexuais

Processo: 18/09553-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2018
Vigência (Término): 30 de setembro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:César Martins
Beneficiário:Camila do Nascimento Moreira
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/16661-1 - Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica, AP.TEM
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração   Cromossomos B   Oryzomyini

Resumo

Holochilus sciureus (HSC) (2n = 56+1B e NF = 56) pertence à tribo de roedores Oryzomyini, o grupo mais diverso taxonomicamente da subfamília Sigmodontinae. Estudos citogenéticos em Oryzomyini refletem tal diversidade apresentando ampla variabilidade cariotípica. Análises de citogenética comparativa por Zoo-FISH em 15 espécies da tribo, utilizando sondas de todo o complemento cromossômico de HSC, revelaram intensa reorganização genômica envolvendo os cromossomos autossômicos, sexuais e Bs. Hibridação das sondas de Bs, X e Y de HSC em 12 espécies de Orizomyini mostraram que os Bs e sexuais dessas espécies compartilham uma região de heterocromatina. Além disso, a diversidade com relação ao número, tamanho, morfologia e conteúdo genético dos Bs de Oryzomyini, pode ser explicada devido a diferentes origens desses cromossomos em sub-grupos de espécies. Dentre os mamíferos, 70% das espécies portadoras de Bs pertencem à Ordem Rodentia. A utilização de sondas cromossômicas, obtidas por microdissecção ou citometria de fluxo, permitiu melhor detalhamento da origem e estrutura dos Bs. O sequenciamento de nova geração mostrou que os Bs podem ser formados a partir de fragmentos de DNA do complemento cromossômico principal, assim como de sequências provenientes de organelas celulares. Portanto, o objetivo desse projeto é analisar o genoma de fêmeas de HSC com e sem B, assim como os cromossomos B1, B2, X e Y de HSC, isolados por citometria de fluxo, a fim de investigar as sequências homólogas compartilhadas entre os Bs e sexuais. Além disso, os dados genômicos de HSC serão utilizados na busca de sequências de DNAs repetitivos, de modo a entender o papel desses elementos na variabilidade cariotípica de Oryzomyini.