Recursos genômicos de mandioca (Manihot esculenta) visando o estudo da evolução de variedades cultivadas e a busca de genes importantes para o melhoramento

• Processo: 18/00036-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de novembro de 2018
• Vigência (Término): 31 de outubro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Alessandro Alves Pereira
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Sequenciamento de nova geração Melhoramento genético vegetal Evolução vegetal Mandioca
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cultivos Amazônicos | Evolução | Mandioca silvestre | melhoramento | sequenciamento de nova geração | Snp | Melhoramento de Plantas

Resumo

A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é o cultivo alimentício de origem amazônica que alcançou a maior importância para o mundo, sendo o oitavo cultivo individual mais produzido. A forma cultivada (ssp. esculenta) foi domesticada a partir de M. esculenta ssp. flabellifolia, e atualmente dois grandes grupos de variedades (mandiocas mansas e bravas) são cultivados. O objetivo desta proposta é gerar novos recursos genômicos para mandioca a partir do ressequenciamento do genoma inteiro de acessos do ancestral silvestre lançando mão de tecnologias de sequenciamento de nova geração (SNG). Pretende-se ainda avaliar a variação molecular de genes com assinaturas de seleção entre variedades cultivadas já ressequenciadas e o ancestral silvestre. Por meio da técnica de target-sequencing serão identificados marcadores SNPs nas porções codificantes e não codificantes dos genes para a caracterização da variação genética funcional. Novas variantes alélicas e estruturais poderão ser detectadas aumentando o conhecimento sobre a biologia da espécie. A caracterização funcional de genes poderá evidenciar quais processos celulares podem ter sido afetados durante a evolução do cultivo. O ressequenciamento do genoma inteiro facilitará ainda o descobrimento de marcadores moleculares que podem ser utilizados, em abordagens de mapeamento aplicadas ao melhoramento genético do cultivo.

Publicações científicas

(12)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; CLEMENT, CHARLES R.; PICANCO-RODRIGUES, DORIANE; VEASEY, ELIZABETH ANN; DEQUIGIOVANNI, GABRIEL; FERREYRA RAMOS, SANTIAGO LINORIO; PINHEIRO, JOSE BALDIN; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; ZUCCHI, MARIA IMACULADA. A population genomics appraisal suggests independent dispersals for bitter and sweet manioc in Brazilian Amazonia. EVOLUTIONARY APPLICATIONS, v. 13, n. 2, OCT 2019. (12/08307-5, 18/00036-9, 13/08884-5, 13/00003-0)

BRITO, FABIANY DE ANDRADE; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; PINHEIRO, JOSE BALDIN; ARRIGONI-BLANK, MARIA DE FATIMA; DEQUIGIOVANNI, GABRIEL; GRANDO, CAROLINA; BATISTA, CARLOS EDUARDO; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; BLANK, ARIE FITZGERALD. Low diversity in the native populations of Croton tetradenius Baill. when using SNP markers: a future crop with an insecticidal activity. Genetic Resources and Crop Evolution, APR 2021. (18/00036-9)

DIAZ, LEILA M.; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; ZUCCHI, MARIA, I; MACHADO DE CARVALHO, MARIA A.; GASPAR, MARILIA. Chrysolaena obovata (Less.) Dematt., a species native of Brazilian Cerrado: genetic diversity and structure of natural populations and potential for inulin production. Genetic Resources and Crop Evolution, v. N/A, p. 16-pg., 2022-07-02. (18/00036-9)

OLIVEIRA, S. D. S.; GOIS, I. B.; BLANK, A. F.; ARRIGONI-BLANK, M. F.; ZUCCHI, M., I; PINHEIRO, J. B.; BATISTA, C. E.; ALVES-PEREIRA, A.. Genome-wide diversity in native populations of Croton grewioides Baill., a future crop with fungicidal and antioxidant activity, using SNP markers. Genetic Resources and Crop Evolution, v. 69, n. 5, p. 14-pg., 2022-02-25. (18/00036-9)

MOURA, Y. A.; ALVES-PEREIRA, A.; DA SILVA, C. C.; SOUZA, L. M.; DE SOUZA, A. P.; KOEHLER, S.. Secondary origin, hybridization and sexual reproduction in a diploid-tetraploid contact zone of the facultatively apomictic orchid Zygopetalum mackayi. Plant Biology, v. 22, n. 5, p. 939-948, SEP 2020. (18/00036-9, 14/04426-5)

SANTOS, ALESANDRO SOUZA; CAZETTA, ELIANA; FARIA, DEBORAH; LIMA, THAMARA MOURA; GOMES LOPES, MARIA TERESA; CARVALHO, CAROLINA DA SILVA; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; MORANTE-FILHO, JOSE CARLOS; GAIOTTO, FERNANDA AMATO. Tropical forest loss and geographic location drive the functional genomic diversity of an endangered palm tree. EVOLUTIONARY APPLICATIONS, v. 16, n. 7, p. 17-pg., 2023-06-15. (18/00036-9, 14/01029-5)

GERIBELLO PRIOLLI, REGINA HELENA; BAJAY, MIKLOS MAXIMILIANO; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; LIMA TRIBST, ALLINE ARTIGIANI; MATIAS SILVANO, RENATO AZEVEDO; MACEDO LOPES, PRISCILA FABIANA; BEGOSSI, ALPINA. Genome-wide diversity of the reef fish Epinephelus marginatus (Lowe, 1834): contributions to the conservation of groupers. CAHIERS DE BIOLOGIE MARINE, v. 63, n. 3, p. 14-pg., 2022-01-01. (14/16939-7, 18/00036-9)

ISHIZUKA, TAMYLIN KAORI; CORDEIRO, ERICK MAURICIO GOES; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; BATISTA, CARLOS EDUARDO DE ARAUJO; MURUA, MARIA GABRIELA; PINHEIRO, JOSE BALDIN; SETHI, AMIT; NAGOSHI, RODNEY N.; FORESTI, JOSEMAR; ZUCCHI, MARIA IMACULADA. Population genomics of fall armyworm by genotyping-by-sequencing: Implications for pest management. PLoS One, v. 18, n. 4, p. 16-pg., 2023-04-18. (18/00036-9)

BRITO, FABIANY DE ANDRADE; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; PINHEIRO, JOSE BALDIN; ARRIGONI-BLANK, MARIA DE FATIMA; DEQUIGIOVANNI, GABRIEL; GRANDO, CAROLINA; BATISTA, CARLOS EDUARDO; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; BLANK, ARIE FITZGERALD. Low diversity in the native populations of Croton tetradenius Baill. when using SNP markers: a future crop with an insecticidal activity. Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, n. 8, p. 3145-3159, DEC 2021. (18/00036-9)

ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; CLEMENT, CHARLES R.; GOMES VIANA, JOAO PAULO; PINHEIRO, JOSE BALDIN; VEASEY, ELIZABETH ANN; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. elective signatures and high genome-wide diversity in traditional Brazilian manioc (Manihot esculenta Crantz) varietie. SCIENTIFIC REPORTS, v. 12, n. 1, JAN 24 2022. (12/08307-5, 13/00003-0, 18/00036-9)

FRANCISCONI, ANA FLAVIA; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; MORALES MARROQUIN, JONATHAN ANDRE; VAN DEN BERG, CASSIO; ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; DE ALENCAR, LUCIANO DELMONDES; PICANCO-RODRIGUES, DORIANE; ZANELLO, CESAR AUGUSTO; COSTA, MARCONES FERREIRA; GOMES LOPES, MARIA TERESA; et al. Complete chloroplast genomes and phylogeny in three Euterpe palms (E. edulis, E. oleracea and E. precatoria) from different Brazilian biomes. PLoS One, v. 17, n. 7, p. 26-pg., 2022-07-28. (19/04100-6, 18/00036-9)

ALVES-PEREIRA, ALESSANDRO; NOVELLO, MARIANA; DEQUIGIOVANNI, GABRIEL; PINHEIRO, JOSE BALDIN; BRANCALION, PEDRO H. S.; VEASEY, ELIZABETH ANN; CLEMENT, CHARLES R.; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; ZUCCHI, MARIA IMACULADA. Genomic Diversity of Three Brazilian Native Food Crops Based on Double-Digest Restriction Site-Associated DNA Sequencing. TROPICAL PLANT BIOLOGY, v. 12, n. 4, p. 268-281, DEC 2019. (12/08307-5, 18/00036-9, 13/17354-0, 13/08884-5, 13/00003-0)