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Análise Proteômica de Vesículas Extracelulares Isoladas de Saliva e Plasma de Pacientes com Carcinoma de Células Escamosas para Estudo de Modificações Pós-Traducionais e Proposição de Marcadores Clínicos

Processo: 18/11958-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2018
Situação:Interrompido
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina
Pesquisador responsável:Adriana Franco Paes Leme
Beneficiário:Leandro Xavier Neves
Instituição-sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (Brasil). Campinas , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):20/05046-2 - Identificação de assinaturas de CEC oral via proteômica quantitativa multiplexed e análise de modificações pós-traducionais em vesículas extracelulares de alta pureza isoladas de saliva e plasma, BE.EP.PD
Assunto(s):Vesículas extracelulares   Oncologia

Resumo

O carcinoma de células escamosas (CEC) é uma neoplasia maligna derivada do epitélio escamoso estratificado e corresponde ao tipo mais comum de câncer de oral. No Brasil, estima-se a ocorrência de cerca de 600 mil novos casos de câncer em 2018, dentre os quais 14.700 seriam afecções da cavidade oral. O fator prognóstico mais utilizado é o estadiamento clínico do tumor, baseando-se na classificação TNM (tumor - T, linfonodos - N e metástases - M). Entretanto, esse sistema de classificação assume que tumores com morfologia e estágio similares apresentam o mesmo comportamento, enquanto sabe-se que aspectos moleculares sutis podem ter grande impacto no desenvolvimento tumoral. Como exemplo, as secreções por vesículas extracelulares (VEs) tem sido fortemente associadas à um novo modo de comunicação intercelular atuando como carreadoras de moléculas sinalizadoras envolvidas na reprogramação de células adjacentes até preparação do sítio pré-metastático. No entanto, o conhecimento sobre a composição e a forma com que as VEs atuam na progressão tumoral é limitado. Trabalhos desenvolvidos por este grupo, somados à dados da literatura, antecipam que o proteoma das VEs é complexo e propenso à modificações pós-traducionais (PTMs), como fosforilação, ubiquitinação e degradação proteolítica. Logo, se faz necessário a aplicação de uma metodologia robusta para caracterização molecular das VEs permitindo a melhor compreensão do seu papel fisiológico. Dessa forma, este projeto propõe a utilização da proteômica quantitativa baseada em espectrometria de massas para caracterização de proteínas e peptídeos endógenos de VEs de saliva e plasma de pacientes (a) sem CEC oral, (b) lesões pré-malignas, (c) CEC pré-cirúrgico e (d) CEC pós-cirúrgico. Metodologias para enriquecimento e identificação de espécies fosforiladas e ubiquitinadas serão utilizadas buscando o melhor entendimento do papel dessas PTMs em VEs isoladas de pacientes com CEC. Por meio da interpretação de espectros de massas independente de bancos de sequências (de novo) investigaremos a ocorrência de splicing alternativo, polimorfismos e mutações. Ainda, análises de bioinformática serão utilizadas no estudo de processos celulares regulados, predição das proteases envolvidas na geração dos peptídeos endógenos, entre outras predições estruturais e funcionais. Além disso, marcadores de interesse clínico serão propostos e verificados por análise targeted com metodologia otimizada para maior sensibilidade, seletividade e throughput. A partir dos resultados gerados espera-se, (i) obter-se um repertório de proteínas e peptídeos endógenos de VEs isoladas de saliva e plasma, (ii) ampliar o conhecimento sobre o papel de PTMs e sequências alternativas em VEs, (iii) associar essas informações às características clínico-patológicas dos pacientes e (iv) desenvolver uma metodologia de análise proteômica targeted de marcadores clínicos do CEC oral.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GRANATO, DANIELA C.; NEVES, LEANDRO X.; TRINO, LUCIANA D.; CARNIELLI, CAROLINA M.; LOPES, ARIANE F. B.; YOKOO, SAMI; PAULETTI, BIANCA A.; DOMINGUES, ROMENIA R.; SA, JAMILE O.; PERSINOTI, GABRIELLA; PAIXAO, DOUGLAS A. A.; RIVERA, CESAR; DE SA PATRONI, FABIO M.; TOMMAZETTO, GEIZECLER; SANTOS-SILVA, ALAN R.; LOPES, MARCIO A.; DE CASTRO JR, GILBERTO; BRANDAO, THAIS B.; PRADO-RIBEIRO, ANA CAROLINA; SQUINA, FABIO M.; TELLES, GUILHERME P.; PAES LEME, ADRIANA F. Meta-omics analysis indicates the saliva microbiome and its proteins associated with the prognosis of oral cancer patients. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, v. 1869, n. 8 AUG 2021. Citações Web of Science: 0.
SA, JAMILE DE OLIVEIRA; TRINO, LUCIANA DANIELE; OLIVEIRA, ANA KARINA; BUSSO LOPES, ARIANE FIDELIS; GRANATO, DANIELA CAMPOS; COSTA NORMANDO, ANA GABRIELA; SANTOS, ERISON SANTANA; NEVES, LEANDRO XAVIER; CARNIELLI, CAROLINA MORETTO; PAES LEME, ADRIANA FRANCO. Proteomic approaches to assist in diagnosis and prognosis of oral cancer. EXPERT REVIEW OF PROTEOMICS, v. 18, n. 4, p. 261-284, APR 3 2021. Citações Web of Science: 0.
NEVES, LEANDRO XAVIER; GRANATO, DANIELA C.; BUSSO-LOPES, ARIANE FIDELIS; CARNIELLI, CAROLINA M.; DE SA PATRONI, FABIO M.; DE ROSSI, TATIANE; OLIVEIRA, ANA KARINA; RIBEIRO, ANA CAROLINA P.; BRANDAO, THAIS BIANCA; RODRIGUES, ANDRE NIMTZ; LACERDA, PAMMELA ARAUJO; UNO, MIYUKI; CERVIGNE, NILVA K.; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER; KOWALSKI, LUIZ PAULO; LOPES, MARCIO AJUDARTE; PAES LEME, ADRIANA F. Peptidomics-Driven Strategy Reveals Peptides and Predicted Proteases Associated With Oral Cancer Prognosis. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, v. 20, 2021. Citações Web of Science: 0.

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