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Comparação de estratégias de amostragem em estudos de expressão gênica diferencial

Processo: 18/21345-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2018
Vigência (Término): 31 de julho de 2020
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Gabriel Rodrigues Alves Margarido
Beneficiário:Victor Hugo de Mello Pessoa
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/22993-7 - Transcriptômica para identificação de genes de interesse comercial em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.JP
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Genômica funcional   Análise de sequência de RNA   Biologia computacional

Resumo

A realização de estudos de expressão gênica diferencial requer replicação biológica dos grupos contrastantes, para que seja possível obter estimativas da variabilidade residual entre amostras do mesmo tratamento. Em muitas espécies vegetais, devido à possibilidade de realizar propagação vegetativa, esses estudos comumente fazem uso de réplicas clonais de um ou alguns poucos genótipos, de modo que as conclusões dos trabalhos ficam restritas apenas a um pequeno grupo de genótipos. Estratégias alternativas podem ser delineadas para obter estimativas de variabilidade residual em dois níveis: entre amostras de genótipos distintos representativos de um mesmo grupo experimental, ou entre amostras de um mesmo genótipo. Devido ao custo das tecnologias de sequenciamento, frequentemente não é viável realizar estudos em ambos os níveis, de modo que esforços para determinação do delineamento experimental mais apropriado são importantes. Especificamente para cana-de-açúcar, a variabilidade genética envolvida nos programas brasileiros de melhoramento genético, boa parte da qual está representada no Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar (PBGCA), ainda foi pouco explorada com relação às suas diferenças genômicas estruturais e à expressão de genes. Este plano de atividades visa à caracterização dos perfis transcricionais de diversos genótipos integrantes do PBGCA contrastantes quanto ao acúmulo de açúcar, de acordo com duas estratégias distintas de amostragem. Para tanto, dados de sequenciamento da presente pesquisa serão integrados aos obtidos dentro de um projeto CNPq Universal também sob responsabilidade do coordenador.