Uso das ômicas e ferramentas de bioinformática para detectar adaptação local do tubarão mako (Isurus oxyrinchus) nos oceanos Atlântico e Índico

• Processo: 18/21319-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 04 de março de 2019
• Data de Término da vigência: 03 de março de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Oceanografia - Oceanografia Biológica
• Pesquisador responsável: Fernando Fernandes Mendonça
• Beneficiário: Rodrigo Rodrigues Domingues
• Supervisor: Agostinho Antunes Pereira
• Instituição Sede: Instituto de Saúde e Sociedade (ISS). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus Baixada Santista. Santos , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental (CIIMAR), Portugal
• Vinculado à bolsa: 17/02420-8 - Combinando oceanografia, transcriptoma e genômica para avaliar a conectividade genética populacional e adaptação local do altamente migratório, tubarão Mako (Isurus oxyrinchus) no Oceano Atlântico, BP.PD
• Assunto(s): Sequenciamento de nova geração Conservação Genômica Elasmobrânquios
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Conectividade marinha | Conservação | elasmobrânquios | Gene associado ao ambiente marinho | Genômica | sequenciamento de nova geração | genômica da paisagem marinha

Resumo

No projeto inicial de pós-doutorado submetido à FAPESP, foram traçados como objetivo caracterizar o transcriptoma e realizar um estudo genômico populacional de um dos maiores predadores do ambiente marinho, com ampla distribuição geográfica e interesse comercial ecológico, o tubarão mako (Isurus oxyrinchus). Além disso, a proposta inicial objetivou a formação de recursos humanos na área da bioinformática e genômica. A etapa laboratorial realizada, com o emprego de técnicas de sequenciamento de nova geração - NGS (RNA-seq e ddRADseq), rendeu quantidades massivas de sequenciamento com mais de 42 784 019 milhões de sequências de RNA-seq para a etapa de caracterização do transcriptoma e 119 121 972 milhões de sequências de ddRADseq para etapa genômica populacional. Assim, a segunda etapa deste projeto, envolve o tratamento destes dados por meio de técnicas de bioinformática para as subsequentes análises que possam trazer significado biológico e ecológico para o tubarão mako. Portanto, este projeto objetiva (i) treinamento em bioinformática para o tratamento do sequenciamento de RNA-seq e ddRADseq, (ii) identificar genes e suas associações com funções biológicas, fisiológicas e moleculares, (iii) selecionar genes que permitam inferências sobre adaptação local frente a diferentes características oceanográficas da área de estudo, além de um amplo estudo genômico populacional em duas grandes bacias oceânicas, os Oceanos Atlântico e Índico. Ao final deste período no exterior, espera-se obter resultados inéditos para esta espécie, a qual resultará em publicações em periódicos de alto impacto, além de uma sólida formação do candidato em genômica e bioinformática e colaborações com conceituados pesquisadores do exterior que tem atuado na fronteira do conhecimento nesta área de pesquisa.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DOMINGUES, RODRIGO RODRIGUES; BUNHOLI, INGRID VASCONCELLOS; PINHAL, DANILLO; ANTUNES, AGOSTINHO; MENDONCA, FERNANDO FERNANDES. From molecule to conservation: DNA-based methods to overcome frontiers in the shark and ray fin trade. CONSERVATION GENETICS RESOURCES, v. 13, n. 2, p. 231-247, JUN 2021. (18/21319-9, 17/02420-8)

DOMINGUES, RODRIGO R.; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO; MENDES, NATALIA J.; HASHIMOTO, DIOGO T.; COELHO, RUI; DA CRUZ, VANESSA PAES; ANTUNES, AGOSTINHO; FORESTI, FAUSTO; MENDONCA, FERNANDO F.. Comparative eye and liver differentially expressed genes reveal monochromatic vision and cancer resistance in the shortfin mako shark (Isurus oxyrinchus). Genomics, v. 112, n. 6, p. 4817-4826, NOV 2020. (17/02420-8, 14/19740-7, 18/21319-9)