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Caracterização e predição de intensidade de força de promotores regulados pelo fator transcricional YgiV de Salmonella enterica sorovar Typhimurium

Processo: 18/22799-4
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2019
Vigência (Término): 31 de março de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Cristiano Gallina Moreira
Beneficiário:Patrick da Silva
Supervisor no Exterior: Carol Gross
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCFAR). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araraquara. Araraquara , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of California, San Francisco (UCSF), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:16/12744-2 - Estudo da regulação transcricional por YgiV e da interação proteica de VisP na sinalização química e montagem do LPS na patogênese de Salmonella enterica sorovar Typhimurium, BP.DR
Assunto(s):Regulon

Resumo

Salmonella enterica sorovar Typhimurium é um patógeno ubíquo, causando várias mortes anualmente. Interações patógeno-hospedeiro podem ser mediadas por sinalização química, compreendendo a detecção de estímulos de ambos hospedeiro e sua microbiota pelo patógeno. QseBC é um sistema de 2-componentes que exerce um papel na ativação da patogênese através da sinalização química. Analisando o transcriptoma do mutante ”qseC de S. Typhimurium, foi identificado e caracterizado visP, o qual codifica para uma proteína periplasmática altamente relacionada com virulência, resposta a stress e biossíntese das cadeias de antígeno-O. O gene visP encontra-se em um operon o qual também apresenta ygiV, codificando um regulador transcricional putativo da família AraC/XylS. Previamente, foi realizado um RNAseq a fim de se comparar os níveis de expressão gênica globais entre S. Typhimurium tipo-selvagem e o mutante knockout de ygiV, e evidenciou-se que ygiV afeta a transcrição de genes envolvidos no processo patogênico de invasão de células epiteliais e metabolismo de fontes de carbono alternativas. Entretanto, não se pode afirmar quais genes são diretamente regulados por YgiV através de ligação aos elementos cis-regulatórios do DNA. Para elucidar o mecanismo de regulação mediado por YgiV, nós propomos a realização de um sequenciamento de Imunoprecipitação de Cromatina (ChIP-seq) para identificar os alvos que sofrem regulação direta de YgiV e caracterizar a sequência consenso dos sítios de ligação de YgiV e seus efeitos na regulação do nível de transcrição do gene. Além disso, iremos avaliar a intensidade de força dos promotores dos principais alvos identificados nos experimentos de larga-escala de RNAseq e ChIP-seq através de ensaio de GFP como repórter, avaliando a remodelagem transcricional exercida por YgiV em S. Typhimurium. Estes resultados fornecerão uma profunda caracterização do regulador transcricional YgiV, como também informações sobre o seu impacto no transcriptoma de S. Typhimurium, podendo agir na regulação dos processos patogênicos.