Sequenciamento do genoma completo e análise genômica comparativa de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes durante 16 anos no Brasil

• Processo: 18/26043-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Juliana Pfrimer Falcão
• Beneficiário: Carolina Nogueira Gomes
• Supervisor: Eduardo Napoleon Taboada
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Public Health Agency of Canada Manitoba, Canadá
• Vinculado à bolsa: 15/23408-0 - Análise fenotípica, sequenciamento do genoma e transcriptoma de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes durante 16 anos no Brasil, BP.DR
• Assunto(s): Genômica comparativa Análise de sequência de DNA Transcriptômica Virulência Campylobacter coli
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Campylobacter coli | genômica comparativa | Sequenciamento do genoma completo | Genômica, Transcriptômica e Virulência

Resumo

A campilobacteriose é uma zoonose de distribuição mundial com repercussões significativas no nível da Saúde Pública e com um elevado impacto socioeconômico. Embora o Brasil seja o maior exportador de carne de frango do mundo, e o consumo de carne de frango contaminada seja considerada uma importante fonte de transmissão de Campylobacter coli para humanos, a campilobacteriose é uma doença negligenciada e não existem dados suficientes para estimar a incidência desse patógeno no país. Ademais, as pesquisas conduzidas no Brasil são em sua maioria relacionadas a ocorrência e resistência antimicrobiana de C. coli e C. jejuni e existem poucos estudos no Brasil que utilizam metodologias moleculares para estudar esse gênero bacteriano. Assim, estudos moleculares que tenham como objetivo elucidar a patogênese e caracterizar molecularmente linhagens de C. coli são de grande importância, especialmente no Brasil onde existem poucos dados sobre esse patógeno. O objetivo desse projeto é realizar o sequenciamento do genoma completo e a análise comparativa do genoma de 63 linhagens de C. coli isoladas de humanos (12), animais (21), ambiente (20) e alimentos (10) de diferentes cidades brasileiras entre os anos de 1995-2011. Todos os 63 isoladaos de C. coli serão sequenciados utilizando a plataforma NextSeq - Illumina durante o estágio na Public Health Agency of Canada; National Microbiology Laboratory sob supervisão do Dr. Eduardo N. Taboada. A análise comparativa das sequencias do genoma completo das linhagens de C. coli que serão estudadas irão fornecer importantes dados de variação genética, incluindo: inserções, deleções e/ou pontos de mutações que podem afetar a regulação de genes específicos. Além disso, essas análises podem ajudar a elucidar possíveis mecanismos de patogenicidade/ virulência e sobrevivência desse patógeno ao longo da cadeia alimentar. Tomados em conjunto, os resultados obtidos irão contribuir para um melhor entendimento de C. coli, bem como, poderão fornecer importantes informações sobre as linhagens circulantes no país. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; BARKER, DILLON OLIVER REESE; DUQUE, SHEILA DA SILVA; CHE, EMILY VICTORIA; JAYAMANNA, VASENA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Campylobacter coli isolated in Brazil typed by core genome Multilocus Sequence Typing shows high genomic diversity in a global context. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 95, NOV 2021. (18/26043-1, 16/24716-3, 15/23408-0, 19/19338-8)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; CAMPIONI, FABIO; BARKER, DILLON OLIVER REESE; CHE, EMILY VICTORIA; DUQUE, SHEILA DA SILVA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Antimicrobial resistance genotypes and phenotypes of Campylobacter coli isolated from different sources over a 16-year period in Brazil. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 33, p. 5-pg., 2023-06-01. (22/07013-0, 18/26043-1, 16/24716-3, 19/19338-8, 15/23408-0)