Anotação de RNAs longos não-codificantes e identificação de potenciais alvos terapêuticos em Schistosoma mansoni

• Processo: 18/19591-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de março de 2019
• Vigência (Término): 31 de janeiro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Helmintologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Lucas Ferreira Maciel
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Esquistossomose Análise de sequência de RNA Schistosoma mansoni
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | lncRNAs | Parasitologia | RNA-seq | scRNA-Seq | Bioinformática

Resumo

Esquistossomose é uma doença tropical negligenciada, causada por vermes do gênero Schistosoma, com estimativas de mais de 250 milhões de pessoas infectadas no mundo. Praziquantel é a única droga eficaz no tratamento da esquistossomose, e por isso novos alvos terapêuticos e drogas, que possam afetar negativamente sua biologia reprodutiva, têm sido estudados. Contudo, as pesquisas até agora não exploram o potencial dos RNAs longos não-codificantes (lncRNA). Os lncRNAs de S. mansoni foram identificados em três estudos recentes, porém como cada trabalho utilizou ferramentas e definições diferentes, uma parte dos lncRNAs é redundante, além de terem sido anotados contra uma versão obsoleta do transcriptoma codificante de proteínas. Ademais, os trabalhos foram realizados com parasitas inteiros; por outro lado, já foi demonstrado que lncRNAs possuem expressão tecido- e célula-específica. Assim, nosso objetivo é identificar um conjunto de lncRNAs mais robusto e completo, em concordância com o atual transcriptoma, e reanalisar datasets de RNA-Seq até agora não anotados para a presença destes lncRNAs a fim de entender o papel dos lncRNAs na biologia do organismo e identificar potenciais novos alvos terapêuticos. Para isso, todos lncRNAs até agora identificados serão comparados com os genes das novas proteínas para remoção de pre-mRNAs, e sua propensão a serem lncRNAs re-avaliada com a ferramenta FEELnc que usa o algoritmo Random Forest. Novos lncRNAs em datasets de RNA-seq de células tronco únicas e de gônadas serão identificados por pipeline envolvendo o mapeamento de reads e reconstrução em transcritos, classificação com FEELnc e filtragem de potenciais mRNAs. Baseados nesse conjunto final de lncRNAs, faremos uma reanalise quantitativa dos dados públicos de RNA-Seq para identificar genes diferencialmente expressos em diferentes contextos, fisiológicos ou de tratamento com drogas, com foco em lncRNAs. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AMARAL, MURILO S.; MACIEL, LUCAS F.; SILVEIRA, GILBERT O.; OLBERG, GIOVANNA G. O.; LEITE, JOAO V. P.; IMAMURA, LUCAS K.; PEREIRA, ADRIANA S. A.; MIYASATO, PATRICIA A.; NAKANO, ELIANA; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Long non-coding RNA levels can be modulated by 5-azacytidine in Schistosoma mansoni. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, DEC 9 2020. (18/19591-2, 18/23693-5, 16/10046-6, 18/24015-0)

MACIEL, LUCAS F.; MORALES-VICENTE, DAVID A.; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Dynamic Expression of Long Non-Coding RNAs Throughout Parasite Sexual and Neural Maturation in Schistosoma Japonicum. NON-CODING RNA, v. 6, n. 2, JUN 2020. (14/03620-2, 18/19591-2, 18/23693-5)

SILVEIRA, GILBERT O.; AMARAL, MURILO S.; COELHO, HELENA S.; MACIEL, LUCAS F.; PEREIRA, ADRIANA S. A.; OLBERG, GIOVANNA G. O.; MIYASATO, PATRICIA A.; NAKANO, ELIANA; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Assessment of reference genes at six different developmental stages of Schistosoma mansoni for quantitative RT-PCR. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, p. 18-pg., 2021-08-19. (18/19591-2, 16/10046-6, 18/24015-0, 18/23693-5)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MACIEL, Lucas Ferreira. Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum. 2020. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.