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Análises filogenômicas dos Jacundás (Cichlidae: Crenicichla and Teleocichla): construindo uma base filogenética para inferências macroevolutivas

Processo: 18/24086-5
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2019
Vigência (Término): 31 de maio de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Zoologia - Taxonomia dos Grupos Recentes
Pesquisador responsável:Claudio de Oliveira
Beneficiário:Henrique Rosa Varella
Supervisor no Exterior: Hernan Lopez-Fernandez
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Michigan, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:15/21901-1 - Macroevolução dos Jacundás (Teleostei: Cichlidae: Crenicichla e Teleocichla) na América do Sul: análises de evidência total com abordagem filogenômica baseada em éxons, BP.PD

Resumo

Os dois primeiros meses do projeto foram dedicados ao levantamento, a partir de coleções brasileiras, da maioria dos tecidos que serão utilizados para as análises filogenéticas; o terceiro incluiu uma viagem de 21 dias aos EUA para selecionar um material complementar da ANSP, ROM e UMMZ. Assim, agora, cerca de 73% da diversidade taxonômica do grupo-alvo (clado Crenicichla-Teleocichla) está disponível, além de muitas novas espécies. Cerca de 130 unidades taxonômicas operacionais serão analisadas, a mais abrangente análise filogenética de espécies de jacundás até o momento. Como explicado no projeto principal, este estudo foi desenvolvido em estreita parceria com o Prof. López-Fernández, que desenvolveu um kit de ferramentas para sequenciamento de próxima geração baseado em exon (NGS) especificamente para ciclídeos. Usando este protocolo em um artigo de 2018, 128 ciclídeos neotropicais foram sequenciados, incluindo 15 espécies do clado Crenicichla-Teleocichla. O principal objetivo do ano inteiro no Laboratório do Prof. López-Fernández (Universidade de Michigan, Ann Arbor, EUA) é aprender e executar as análises filogenéticas do clado Crenicichla-Teleocichla, para construir uma base filogenética, calibrada no tempo, para as inferências macroevolutivas que propusemos no projeto principal. Este período será crucial não só para compreender profundamente todos os passos da técnica, mas também para transformar os nossos dados morfológicos, obtidos no estudo de doutorado sob uma perspectiva de filogenia baseada em parcimônia, legível pelos métodos comparativos integrados à filogenia molecular. Os métodos NGS geraram filogenias muito mais robustas do que aquelas com análises multilocus tradicionais. A NGS baseada em Exon parece ser mais adequada para a escala de tempo que estamos lidando do que aquela baseada em elementos Ultraconserved Elements (UCES) ou ddRADseq, que foram utilizadas nas filogenias genômicas anteriores do clado.