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Estimativas de heterozigosidade e composição genética de animais da raça Braford e aplicação em modelos de estudo de associação genômica ampla da característica níveis de infecção por Babesia bigemina

Processo: 19/00412-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 25 de março de 2019
Vigência (Término): 24 de março de 2020
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Henrique Nunes de Oliveira
Beneficiário:Andrea Renata da Silva Romero
Supervisor no Exterior: Cedric Gondro Msu
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : Michigan State University (MSU), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:17/21000-0 - Estudos genômicos de resistência a Anaplasmose bovina em animais da raça Braford, BP.DR
Assunto(s):Estudo de associação genômica ampla

Resumo

Uma das dificuldades constantes na pecuária é o controle de parasitas tropicais, como o carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus e os hemoparasitas por ele transmitidos, destacando-se a Babesia bigemina, protozoário causador de diversos prejuízos nos rebanhos. Assim, o objetivo do trabalho será realizar estudos de associação genômica ampla para a característica de nível de infecção por B. bigemina em bovinos da raça Braford. O grupo amostral será composto por 1600 animais da raça Braford e 100 Hereford, genotipados em painel Illumina BovineSNP50 BeadChip que passarão por um controle de qualidade para exclusão de marcadores e amostras problemáticos. O fenótipo será a quantificação dos níveis sanguíneos de B. bigemina estimados por meio da técnica quantitativa da reação em cadeia da polimerase (qPCR). As estimativas de composição genética, heterozigosidade a serem utilizadas nos modelos de análise, serão obtidas, a partir dos genótipos, pelo conjunto de softwares LAMP. Os fenótipos serão corrigidos para os efeitos sistemáticos utilizando o programa AIREMLF90 e posteriormente o GWAS será efetuado por meio do software GEMMA. As regiões indicadas pela análise de GWAS em associadas com a característica estudada serão pesquisadas nos bancos de dados Ensembl v.94 e CattleQTLdb r.36 para busca de genes e QTLs próximos aos SNPs associados. As buscas por interações genéticas que envolvam os genes apontados pelo GWAS e clusters relatados na literatura serão realizadas por meio do programa STRING v.10.5. Os resultados dos genes serão revisados de acordo com a literatura científica.