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Análise comparativa de genomas de quatro isolados de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudo de associação a fenótipos conhecidos

Processo: 18/24646-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de março de 2019
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2021
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Raquel Paulini Miranda
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Genômica comparativa   Genótipo   Fenótipo   Xanthomonas

Resumo

Xanthomonas albilineans é o agente responsável pela escaldadura das folhas em cana-de-açúcar. Esta cultura representa uma das culturas relevantes do agronegócio brasileiro por ser uma comódite importante no cenário mundial. Quatro isolados do campo foram sequenciados em parceria estabelecida em 2015 entre a Dra. Silvana Creste (IAC) e Dra. Marie-Anne Van Sluys. Análises preliminares desses isolados bacterianos revelaram a presença de segmentos genômicos únicos a cada isolado, bem como regiões altamente conservadas. Baseado nos dados reunidos e em análises de bioinformática - clusterização de genomas, análise de máxima entropia, análises de repertórios gênicos e outras - propomos a realização de um estudo comparativo entre os diferentes isolados. O estudo proposto visa à caracterização e a prospecção de sequências para posteriores estudos de associação entre genótipo e fenótipos conhecidos - níveis de severidade de doença variáveis dentro de uma escala de sintomas. Este projeto de pesquisa está vinculado ao projeto temático FAPESP "GEMAC - Genes genomes and transposable elements contribuition to plant-microbe interaction: a sugarcane study case", processo 2016/17545-8. (AU)