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Regulação epigenética do potencial osteogênico em células mesenquimais derivadas do ligamento periodontal: ATAC-seq e análise de bioinformática

Processo: 19/01727-8
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 07 de agosto de 2019
Vigência (Término): 06 de fevereiro de 2020
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Odontologia - Periodontia
Pesquisador responsável:Denise Carleto Andia
Beneficiário:Rahyza Inacio Freire de Assis
Supervisor no Exterior: Malgorzata Wiench
Instituição-sede: Faculdade de Odontologia de Piracicaba (FOP). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Birmingham, Inglaterra  
Vinculado à bolsa:17/12158-9 - Regulação epigenética do potencial osteogênico de células mesenquimais do ligamento periodontal, BP.DR
Assunto(s):Metilação de DNA   Biologia computacional   Epigênese genética

Resumo

Após descobrir que células mesenquimais indiferenciadas do ligamento periodontal de humanos (hPDLSCs) podem formar tecido ósseo, elas se tornaram candidatas promissoras em terapias regenerativas em diversas doenças ósseas. Entretanto, as hPDLSCs apresentam potencial osteogênico distinto o que pode ser um problema na prática clínica. Os mecanismos moleculares que controlam a osteogênese não são bem compreendidos, com informação limitada sobre o "background" e regulação epigenética. A diferenciação celular é determinada pela regulação de genes específicos da linhagem e por mecanismos epigenéticos subjacentes, portanto, tal informação é indispensável à aplicação segura de hPDLSCs em ensaios clínicos em humanos. As regiões de cromatina acessíveis serão identificadas nas hPDLSCs com alto e baixo potencial osteogênico, após 3 e 10 dias de indução osteogênica, através do "Assay for transposase-accessible chromatin" (ATAC) seguido de sequenciamento de alto rendimento (next generation sequencing - NGS) e análises de bioinformática. Essas regiões de cromatina são indicativas de elementos regulatórios ativos e sítios de ligação dos fatores de transcrição e, portanto, relacionadas às mudanças na expressão gênica necessárias à osteogênese. Os grupos de estudos serão DMEM (controle, sem indução) e OM (meio osteogênico, induzido). O ATAC-Seq, associado ao (hidroxi)Metiloma proposto no projeto de doutorado e o RNA-Seq e ChIP-Seq propostos no projeto principal poderão preencher lacunas no conhecimento da biologia básica das hPDLSCs e no metabolismo/formação óssea. O objetivo final será facilitar a aplicação clínica das hPDLSCs, propondo marcadores de alto potencial osteogênico para posterior validação.