Em tempo real, rápida detecção e sequenciamento de arbovírus no Brasil: Zika, Dengue, Chikungunya e Febre Amarela

• Processo: 18/17176-8
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de janeiro de 2019
• Vigência (Término): 31 de outubro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Ester Cerdeira Sabino
• Beneficiário: Ingra Morales Claro
• Instituição-sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 19/25047-6 - Estabelecendo uma rápida abordagem móvel para detectar novas epidemias, BE.EP.DD
• Assunto(s): Doenças negligenciadas Análise de sequência de DNA Tempo-real Arbovirus Vírus Zika Dengue Febre de Chikungunya Febre amarela Brasil

Resumo

As infecções por arbovírus no Brasil, incluindo os Vírus Zika, Chikungunya, Dengue e Febre Amarela, resultam em considerável morbidade e mortalidade, sendo grandes preocupações de saúde pública. No entanto, a nossa compreensão a respeito destes surtos é dificultada devido à disponibilidade limitada de dados de vigilância epidemiológica. Usualmente, estes dados são gerados por ensaios de diagnóstico molecular em que os testes de padronização são caros e carecem de maior especificidade. Consequentemente, temos uma compreensão limitada das interações entre arbovírus em populações humanas e de mosquitos no Brasil, como demonstrado anteriormente pelo vírus Zika em que sua detecção foi adiada pelo menos um ano após o início do surto. Recentemente fomos pioneiros de uma nova abordagem para a vigilância de arboviroses usando um sequenciador portátil, que utiliza tecnologia a base de nanopores para o sequenciamento de genomas em tempo real - chamada "epidemiologia genômica". Isso permite uma detecção sensível que pode ser atribuída a diversos genótipos virais. No entanto, atualmente, os custos e a complexidade desta poderosa técnica (cerca de U$ 100) impedem sua utilização como uma ferramenta de vigilância de rotina em ambientes de laboratório de pesquisa e de saúde pública. Nesta proposta pretendemos resolver três problemas prementes com o sequenciamento portátil para detecção de arbovírus - custo, tempo e complexidade. Continuando uma colaboração altamente produtiva entre a Universidade de São Paulo, a Universidade de Birmingham e a Universidade de Nottingham, que já resultou em publicações de alto impacto nas revistas Nature e Nature Protocols (Faria et al. 2017; Quick et al. 2017), este projeto terá um impacto imediato sobre a vigilância de arbovírus no Brasil e nossa compreensão deste urgente problema de saúde pública. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CANDIDO, DARLAN S.; CLARO, INGRA M.; DE JESUS, JAQUELINE G.; SOUZA, WILLIAM M.; MOREIRA, FILIPE R. R.; DELLICOUR, SIMON; MELLAN, THOMAS A.; DU PLESSIS, LOUIS; PEREIRA, RAFAEL H. M.; SALES, FLAVIA C. S.; MANULI, ERIKA R.; THEZE, JULIEN; ALMEIDA, LUIZ; MENEZES, MARIANE T.; VOLOCH, CAROLINA M.; FUMAGALLI, MARCILIO J.; COLETTI, THAIS M.; SILVA, CAMILA A. M.; RAMUNDO, MARIANA S.; AMORIM, MARIENE R.; HOELTGEBAUM, HENRIQUE H.; MISHRA, SWAPNIL; GILL, MANDEV S.; CARVALHO, LUIZ M.; BUSS, LEWIS F.; PRETE JR, CARLOS A.; ASHWORTH, JORDAN; NAKAYA, I, HELDER; PEIXOTO, PEDRO S.; BRADY, OLIVER J.; NICHOLLS, SAMUEL M.; TANURI, AMILCAR; ROSSI, ATILA D.; BRAGA, V, CARLOS K.; GERBER, ALEXANDRA L.; GUIMARAES, ANA PAULA DE C.; GABURO JR, NELSON; ALENCAR, CECILA SALETE; FERREIRA, ALESSANDRO C. S.; LIMA, CRISTIANO X.; LEVI, JOSE EDUARDO; GRANATO, CELSO; FERREIRA, GIULIA M.; FRANCISCO JR, RONALDO S.; GRANJA, FABIANA; GARCIA, MARCIA T.; MORETTI, MARIA LUIZA; PERROUD JR, MAURICIO W.; CASTINEIRAS, TEREZINHA M. P. P.; LAZARI, CAROLINA S.; HILL, SARAH C.; DE SOUZA SANTOS, ANDREZA ARUSKA; SIMEONI, CAMILA L.; FORATO, JULIA; SPOSITO, ANDREI C.; SCHREIBER, ANGELICA Z.; SANTOS, MAGNUN N. N.; DE SA, CAMILA ZOLINI; SOUZA, RENAN P.; RESENDE-MOREIRA, LUCIANA C.; TEIXEIRA, MAURO M.; HUBNER, JOSY; LEME, PATRICIA A. F.; MOREIRA, RENNAN G.; NOGUEIRA, MAURICIO L.; FERGUSON, NEIL M.; COSTA, SILVIA F.; PROENCA-MODENA, JOSE LUIZ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R.; BHATT, SAMIR; LEMEY, PHILIPPE; WU, CHIEH-HSI; RAMBAUT, ANDREW; LOMAN, NICK J.; AGUIAR, RENATO S.; PYBUS, OLIVER G.; SABINO, ESTER C.; FARIA, NUNO RODRIGUES; DISCOVERY, BRAZIL-UK CTR ARBOVIRUS. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. Science, v. 369, n. 6508, SI, p. 1255+, SEP 4 2020. Citações Web of Science: 1.