Bolsa 18/26520-4 - Biologia computacional, Genômica - BV FAPESP
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Caracterização da inter-relação entre transcriptomas, miRNomas e proteomas de glândulas de veneno de Bothrops fonsecai e Bothrops cotiara

Processo: 18/26520-4
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de março de 2019
Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2023
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Acordo de Cooperação: NSF - Dimensions of Biodiversity e BIOTA
Pesquisador responsável:Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
Beneficiário:Pedro Gabriel Nachtigall
Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/50127-5 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: scales of biodiversity: integrated studies of snake venom evolution and function across multiple levels of diversity, AP.BTA.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):22/04988-0 - Caracterização e comparação de regiões promotoras e acentuadoras de genes de toxinas entre duas populações de Agkistrodon piscivorus usando os métodos de sequenciamento RNA-seq, ATAC-seq e CUT&RUN, BE.EP.PD
Assunto(s):Biologia computacional   Genômica   MicroRNAs   Evolução
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformatics | evolution | microRNA | ncRNA | regulatory network | venom | Genômica

Resumo

Diferenças na composição do veneno produzido por diferentes espécies de serpentes podem ser resultado de mecanismos regulatórios distintos e específicos de cada espécie. Sabe-se que alterações no nível de expressão dos componentes de uma rede gênica são responsáveis por diferenças fenotípicas. Recentemente, alguns estudos demonstraram que miRNAs podem contribuir diretamente para a modulação das mudanças ontogenéticas da composição do veneno em adultos e juvenis de serpentes pertencentes dos gêneros Crotalus e Hydrophis. Esses dados sugerem que a modulação pós-transcricional possui papel crucial na produção e composição de veneno. Apesar desses poucos estudos realizados, análises comparativas entre diferentes espécies com o objetivo de identificar elementos e padrões regulatórios que levam ao perfil de composição do veneno ainda são escassas. Um estudo de proteômica detectou diferenças na composição do veneno entre Bothrops fonsecai e B.cotiara, apesar da similaridade genética e recente tempo de divergências entre as espécies. Nesse sentido, será realizada uma análise integrada de dados de transcriptoma, miRNoma e proteoma de B. fonsecai e B.cotiara para identificar miRNAs e seus sítios alvo que estão relacionados à composição do veneno em serpentes. Adicionalmente, serão realizadas análises para identificar possíveis elementos na região 5UTR dos genes, como uORFs, que podem estar envolvidos no aumento ou diminuição do nível de expressão de proteínas específicas. As análises comparativas irão auxiliar na compreensão dos componentes regulatórios das redes gênicas que modulam a produção e composição do veneno em serpentes.

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Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SCHRAMER, TRISTAN D.; RAUTSAW, RHETT M.; BAYONA-SERRANO, JUAN DAVID; NYSTROM, GUNNAR S.; WEST, TAYLOR R.; ORTIZ-MEDINA, JAVIER A.; SABIDO-ALPUCHE, BIANCA; MENESES-MILLAN, MARCOS; BORJA, MIGUEL; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M.; et al. n integrative view of the toxic potential of Conophis lineatus (Dipsadidae: Xenodontinae), a medically relevant rear-fanged snak. Toxicon, v. 205, p. 38-52, . (16/50127-5, 18/26520-4)
NACHTIGALL, PEDRO G.; RAUTSAW, RHETT M.; ELLSWORTH, SCHYLER A.; MASON, ANDREW J.; ROKYTA, DARIN R.; PARKINSON, CHRISTOPHER L.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M.. ToxCodAn: a new toxin annotator and guide to venom gland transcriptomics. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 22, n. 5, . (16/50127-5, 18/26520-4)
NACHTIGALL, PEDRO G.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M.. MITGARD: an automated pipeline for mitochondrial genome assembly in eukaryotic species using RNA-seq data. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 22, n. 5, . (13/07467-1, 16/50127-5, 18/26520-4)
NACHTIGALL, PEDRO G.; FREITAS-DE-SOUSA, LUCIANA A.; MASON, ANDREW J.; MOURA-DA-SILVA, ANA M.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M.. Differences in PLA(2) Constitution Distinguish the Venom of Two Endemic Brazilian Mountain Lanceheads, Bothrops cotiara and Bothrops fonsecai. TOXINS, v. 14, n. 4, p. 25-pg., . (18/26520-4, 13/07467-1, 16/50127-5)
DE OLIVEIRA, LEONARDO; NACHTIGALL, PEDRO GABRIEL; VIALLA, VINCENT LOUIS; CAMPOS, POLLYANNA F.; DA COSTA-NEVES, ADRIANA; ZAHER, HUSSAM; DA SILVA JR, NELSON JORGE; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; WILKINSON, MARK; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M.. Comparing morphological and secretory aspects of cephalic glands among the New World coral snakes brings novel insights on their biological roles. Toxicon, v. 234, p. 20-pg., . (18/09301-7, 16/50127-5, 17/25089-5, 18/26520-4)
FREITAS-DE-SOUSA, LUCIANA A.; NACHTIGALL, PEDRO G.; FORTES-JUNIOR, JOSE A.; HOLDING, MATTHEW L.; NYSTROM, GUNNAR S.; ELLSWORTH, SCHYLER A.; GUIMARIES, NORANATHAN C.; TIOYAMA, EMILLY; ORTIZ, FLORA; SILVA, BRUNO R.; et al. Size Matters: An Evaluation of the Molecular Basis of Ontogenetic Modifications in the Composition of Bothrops jararacussu Snake Venom. TOXINS, v. 12, n. 12, . (18/25749-8, 18/08589-7, 18/15753-8, 18/26520-4, 16/50127-5, 17/24546-3)
ALMEIDA, DIEGO DANTAS; VIALA, VINCENT LOUIS; NACHTIGALL, PEDRO GABRIEL; BROE, MICHAEL; GIBBS, H. LISLE; SERRANO, SOLANGE MARIA DE TOLEDO; MOURA-DA-SILVA, ANA MARIA; HO, PAULO LEE; NISHIYAMA-JR, MILTON YUTAKA; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M.. Tracking the recruitment and evolution of snake toxins using the evolutionary context provided by the Bothrops jararaca genome. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 118, n. 20, . (16/50127-5, 13/07467-1, 15/03509-7, 12/00177-5, 18/26520-4)

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