Resistoma e mobiloma em genomas de bactérias oriundas de diversas regiões brasileiras

• Processo: 19/00390-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: María Eugenia Guazzaroni
• Beneficiário: Tiago Cabral Borelli
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/04309-1 - Novas abordagens para melhorar a prospecção funcional de biocatalizadores em bibliotecas metagenômicas, AP.JP
• Assunto(s): Antibióticos Resistência microbiana a medicamentos Genômica Metagenômica Bactérias
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bacteria | Genômica | metagenômica estrutural | mobiloma | resistencia antimicrobiana | resistoma | Bioinformatica e genômica

Resumo

Os benefícios dos antibióticos são inquestionáveis. A utilização desses compostos permitiu a cura de infecções bacterianas e proporcionou mais segurança para pacientes que passam por tratamentos imunologicamente debilitantes, como transplantes de órgãos e quimioterapia. Entretanto, o crescente uso tanto na clínica, pecuária, (entre outras áreas) causou a rápida evolução de genes de resistência devido a vantagem adaptativa e competitiva fornecida por eles, causando uma crise sanitária. Além disso, muitos genes de resistência a antibióticos estão associados a elementos moveis dos genomas, permitindo sua disseminação através da transferência horizontal de genes entre bactérias. E devido à essa crise dos antibióticos estão previstas 10^6 mortes anuais causadas por bactérias super-resistentes em 2050. Assim, o estudo das bactérias resistentes se tornou um campo em rápido desenvolvimento e, devido às técnicas modernas de sequenciamento (NGS) e a metagenômica, um enorme volume de dados foi acumulado ao longo do mundo (10^15 bytes). Portanto, existe a necessidade de criação de uma abordagem integrativa que analise grandes volumes de dados para retirar relações significativas tanto a nível genômico como metagenômico. Nesse sentido, o presente projeto visa usar ferramentas de bioinformática e ciências de rede buscando mapear o resistoma e o mobiloma de genomas de bactérias isoladas de biomas brasileiros. Também, procura-se entender melhor o panorama de genes de resistência a antibióticos no territorial nacional, mediante o uso de redes de co-ocorrência para entender relações ecológicas e evolutivas envolvendo bactérias resistentes, além de compreender a interação de diferentes determinantes da resistência e como eles se disseminam por bactérias patogênicas e não patogênicas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

RIBEIRO, LUCAS FERREIRA; AMARELLE, VANESA; ALVES, LUANA DE FATIMA; VIANA DE SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; BORELLI, TIAGO CABRAL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Genetically Engineered Proteins to Improve Biomass Conversion: New Advances and Challenges for Tailoring Biocatalysts. Molecules, v. 24, n. 16, AUG 2019. (16/18827-7, 15/04309-1, 18/18158-3, 18/07261-8, 19/00390-0, 16/06323-4)

BORELLI, TIAGO CABRAL; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; SCARANELLO, ANA FLAVIA TONELLI; RIBEIRO, LUCAS FERREIRA; ZARAMELA, LIVIA; PEREIRA-DOS-SANTOS, FELIPE MARCELO; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Combining Functional Genomics and Whole-Genome Sequencing to Detect Antibiotic Resistance Genes in Bacterial Strains Co-Occurring Simultaneously in a Brazilian Hospital. ANTIBIOTICS-BASEL, v. 10, n. 4, APR 2021. (19/00390-0, 15/04309-1, 19/06672-7, 16/18827-7, 19/15675-0, 18/18158-3)