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Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais

Processo: 18/25217-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de junho de 2019
Vigência (Término): 31 de outubro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:Gustavo Henrique Goldman
Beneficiário:Jaire Alves Ferreira Filho
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/07870-9 - A influência de proteínas quinases ativadas por mitógenos (MAPK) na expressão de determinantes genéticos importantes para a virulência de Aspergillus fumigatus, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Genômica   Análise de sequência de RNA   Aspergillus fumigatus   Fungos

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. De maneira a questionar o comportamento de diversos genes em condições ambientais e genéticas variadas, assim como entender suas relações com outros reguladores importantes, a integração, visualização e padronização destes dados se faz necessária. A. fumigatus apresenta um grande volume de dados de transcritômica, proteômica e genômica disponíveis tanto em bancos públicos como em nosso laboratório. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Outro aspecto a ser abordado será o estabelecimento de relações filogenéticas entre isolados clínicos e linhagens selvagens, de maneira a destacar os componentes genéticos importantes para origem de virulência nos isolados clínicos. Deste modo, o candidato a bolsa de TT-5 será responsável pelo estabelecimento de pipelines de análise de dados de transcritoma, proteoma e genoma utilizando linguagens como R e Python, bem como ferramentas de bioinformática aplicadas às áreas de estudo. A visualização e integração dos dados já gerados pelo laboratório será realizada utilizando o software Gaggle Genome Browser ou, alternativamente, o Jbrowse, que pode ser usado no navegador. A coleta e processamento de dados públicos de transcritoma de A. fumigatus e A. nidulans serão realizados utilizando dados já depositados no banco de dados Sequencing Read Archive (SRA) do NCBI. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DA COSTA FILHO, AILTON PEREIRA; PEREIRA BRANCINI, GUILHERME THOMAZ; DE CASTRO, PATRICIA ALVES; VALERO, CLARA; FERREIRA FILHO, JAIRE ALVES; SILVA, LILIAN PEREIRA; ROCHA, MARINA CAMPOS; MALAVAZI, IRAN; DE MORAES PONTES, JOAO GUILHERME; FILL, TAICIA; SILVA, ROBERTO NASCIMENTO; ALMEIDA, FAUSTO; STEENWYK, JACOB L.; ROKAS, ANTONIS; DOS REIS, THAILA F.; RIES, LAURE N. A.; GOLDMAN, GUSTAVO H. Aspergillus fumigatus G-Protein Coupled Receptors GprM and GprJ Are Important for the Regulation of the Cell Wall Integrity Pathway, Secondary Metabolite Production, and Virulence. MBIO, v. 11, n. 5 SEP-OCT 2020. Citações Web of Science: 0.
RIES, LAURE N. A.; PARDESHI, LAKHANSING; DONG, ZHICLIANG; TAN, KAELING; STEENWYK, JACOB L.; COLABARDINI, ANA CRISTINA; FERREIRA FILHO, JAIRE A.; DE CASTRO, PATRICIA A.; SILVA, LILIAN P.; PREITE, NYCOLAS W.; ALMEIDA, FAUSTO; DE ASSIS, LEANDRO J.; DOS SANTOS, RENATO A. C.; BOWYER, PAUL; BROMLEY, MICHAEL; OWENS, REBECCA A.; DOYLE, SEAN; DEMASI, MARILENE; HERNANDEZ, DIEGO C. R.; NETTO, LUIS EDUARDO S.; PUPO, MONICA T.; ROKAS, ANTONIS; LOURES, V, FLAVIO; WONG, KOON H.; GOLDMAN, GUSTAVO H. The Aspergillus fumigatus transcription factor RglT is important for gliotoxin biosynthesis and self-protection, and virulence. PLOS PATHOGENS, v. 16, n. 7 JUL 2020. Citações Web of Science: 0.

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