Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais

• Processo: 18/25217-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de junho de 2019
• Vigência (Término): 31 de outubro de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Gustavo Henrique Goldman
• Beneficiário: Jaire Alves Ferreira Filho
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/07870-9 - A influência de proteínas quinases ativadas por mitógenos (MAPK) na expressão de determinantes genéticos importantes para a virulência de Aspergillus fumigatus, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica Análise de sequência de RNA Aspergillus fumigatus Fungos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bionformática | Genética de Fungos | Genômica | Quinases | reguladores | RNA-seq | Bioinformática

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. De maneira a questionar o comportamento de diversos genes em condições ambientais e genéticas variadas, assim como entender suas relações com outros reguladores importantes, a integração, visualização e padronização destes dados se faz necessária. A. fumigatus apresenta um grande volume de dados de transcritômica, proteômica e genômica disponíveis tanto em bancos públicos como em nosso laboratório. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Outro aspecto a ser abordado será o estabelecimento de relações filogenéticas entre isolados clínicos e linhagens selvagens, de maneira a destacar os componentes genéticos importantes para origem de virulência nos isolados clínicos. Deste modo, o candidato a bolsa de TT-5 será responsável pelo estabelecimento de pipelines de análise de dados de transcritoma, proteoma e genoma utilizando linguagens como R e Python, bem como ferramentas de bioinformática aplicadas às áreas de estudo. A visualização e integração dos dados já gerados pelo laboratório será realizada utilizando o software Gaggle Genome Browser ou, alternativamente, o Jbrowse, que pode ser usado no navegador. A coleta e processamento de dados públicos de transcritoma de A. fumigatus e A. nidulans serão realizados utilizando dados já depositados no banco de dados Sequencing Read Archive (SRA) do NCBI. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DA COSTA FILHO, AILTON PEREIRA; PEREIRA BRANCINI, GUILHERME THOMAZ; DE CASTRO, PATRICIA ALVES; VALERO, CLARA; FERREIRA FILHO, JAIRE ALVES; SILVA, LILIAN PEREIRA; ROCHA, MARINA CAMPOS; MALAVAZI, IRAN; DE MORAES PONTES, JOAO GUILHERME; FILL, TAICIA; et al. Aspergillus fumigatus G-Protein Coupled Receptors GprM and GprJ Are Important for the Regulation of the Cell Wall Integrity Pathway, Secondary Metabolite Production, and Virulence. MBIO, v. 11, n. 5, SEP-OCT 2020. (16/07870-9, 18/10962-8, 18/25217-6, 19/11929-7, 17/14159-2, 16/12948-7, 18/00715-3, 19/10727-1, 19/06359-7, 16/21392-2)

RIES, LAURE N. A.; PARDESHI, LAKHANSING; DONG, ZHICLIANG; TAN, KAELING; STEENWYK, JACOB L.; COLABARDINI, ANA CRISTINA; FERREIRA FILHO, JAIRE A.; DE CASTRO, PATRICIA A.; SILVA, LILIAN P.; PREITE, NYCOLAS W.; et al. The Aspergillus fumigatus transcription factor RglT is important for gliotoxin biosynthesis and self-protection, and virulence. PLOS PATHOGENS, v. 16, n. 7, JUL 2020. (17/14159-2, 17/21983-3, 18/25217-6, 17/07536-4, 17/01188-4, 13/50954-0, 14/00789-6, 13/07937-8, 16/07870-9, 19/09278-8, 16/03322-7)