Padronização da técnica Sherlock (Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking) utilizando a proteína Cas13a para diagnóstico do vírus respiratório sincicial em pacientes pediátricos

• Processo: 18/23680-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Edison Luiz Durigon
• Beneficiário: Camila Pereira Soares
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Crianças Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas Técnicas de diagnóstico molecular Biologia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cas13a | crianças | Crispr | Detecção | Diagnóstico Molecular | Vrs | Biologia Molecular

Resumo

O VRS é um vírus amplamente distribuído no mundo e é o principal vírus envolvido em infecções respiratórias do trato inferior. A população de risco dessas infecções são crianças menores de 5 anos, pacientes imunocomprometidos e idosos. O VRS pertence à família Pneumoviridae, seu genoma é composto por uma molécula de RNA fita simples e codifica 11 proteínas. Dividido em 2 grupos antigênicos com base na genotipagem da proteína G (A e B), possui diversos genótipos bem caracterizados dentro de cada grupo. A similaridade entre os sintomas causados pela infecção do VRS com outros vírus respiratórios inviabiliza o diagnóstico clínico preciso. Nesse contexto, os métodos de diagnósticos laboratoriais se apresentam extremamente importantes. Primeiramente, porque impedem a prática comum de prescrição de antibióticos e porque medidas de isolamento de pacientes podem ser aplicadas diminuindo o grau de disseminação viral. Algumas novidades têm surgido nos últimos anos no que se refere à diagnóstico molecular, no entanto, uma têm se apresentado de forma bastante promissora: a técnica de edição gênica CRISPR-Cas. A técnica que utiliza a endonuclease de origem bacteriana Cas9 para editar sequencias de DNA já tem seu estudo bastante difundido, e agora novas proteínas começaram a competir pelos holofotes. Dois artigos publicados no início de 2018 mostraram o sucesso de duas técnicas que utilizaram proteínas como a Cas13 e a Cas12 no diagnóstico de vírus como Zika e HPV. A técnica SHERLOCK (Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking) conseguiu detector com alta sensibilidade e especificidade o RNA viral de amostras em poucos minutos utilizando a proteína Cas13a. Uma característica dessa técnica que a torna simples e rápida é a utilização da técnica RPA (Reaction Polymerase Amplification) como método de amplificação do material genético que, diferentemente do PCR é isotermal, e dispensa o uso de aparelhos termociladores. Nosso objetivo nesse trabalho é padronizar a técnica SHERLOCK, utilizando a proteína Cas13a de Leptrotricia wadeii para detectar o Vírus Respiratório Sincicial Humano em amostras de crianças com doença respiratória aguda e comparar com a técnica padrão de Real Time PCR.

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DANIELLE BASTOS ARAUJO; RAFAEL RAHAL GUARAGNA MACHADO; DEYVID EMANUEL AMGARTEN; FERNANDA DE MELLO MALTA; GABRIEL GUARANY DE ARAUJO; CAIRO OLIVEIRA MONTEIRO; ERIKA DONIZETTI CANDIDO; CAMILA PEREIRA SOARES; FERNANDO GATTI DE MENEZES; ANA CAROLINA CORNACHIONI PIRES; et al. SARS-CoV-2 isolation from the first reported patients in Brazil and establishment of a coordinated task network. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 115, 2020-10-23. (16/20045-7, 17/25123-9, 18/21076-9, 17/24769-2, 18/23680-0, 20/04680-0, 20/06409-1)

WENDEL, SILVANO; KUTNER, JOSE MAURO; MACHADO, RAFAEL; FONTAO-WENDEL, RITA; BUB, CAROLINA; FACHINI, ROBERTA; YOKOYAMA, ANA; CANDELARIA, GABRIELA; SAKASHITA, ARACI; ACHKAR, RUTH; et al. Screening forSARS-CoV-2 antibodies in convalescent plasma in Brazil: Preliminary lessons from a voluntary convalescent donor program. Transfusion, v. 60, n. 12, p. 2938-2951, DEC 2020. (18/23680-0, 17/24769-2, 16/20045-7, 20/06409-1)

DE PAULIS, MILENA; OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA LEAL; VIEIRA, RODOLFO P.; PINTO, ISABELLA COUTINHO; MACHADO, RAFAEL RAHAL GUARAGNA; CAVALCANTI, MARIANA PAUFERRO; SOARES, CAMILA PEREIRA; DE ARAUJO, ANANDA MEDEIROS PEREIRA; ARAUJO, DANIELLE BASTOS; BACHI, ANDRE LUIS LACERDA; et al. Multisystem Inflammatory Syndrome Associated With COVID-19 With Neurologic Manifestations in a Child: A Brief Report. PEDIATRIC INFECTIOUS DISEASE JOURNAL, v. 39, n. 10, p. 4-pg., 2020-10-01. (16/04845-3, 18/23680-0, 20/06409-1, 12/15165-2, 17/24769-2)

WENDEL, SILVANO; FACHINI, ROBERTA; FONTAO-WENDEL, RITA C. L.; MELLO, RALYRIA; VELASQUEZ, CARLOS VINICIUS; GUARAGNA MACHADO, RAFAEL RAHAL; BRITO, MAYRA ALTOBELLI; AMARAL, MARCELO; SOARES, CAMILA PEREIRA; ACHKAR, RUTH; et al. urrogate test performance for SARS-CoV-2 neutralizing antibodies (nAbs) for convalescent plasma (CCP): How useful could they be. Transfusion, v. 61, n. 12, OCT 2021. (17/24769-2, 20/06409-1, 16/20045-7, 18/23680-0)

DORLASS, ERICK GUSTAVO; MONTEIRO, CAIRO OLIVEIRA; VIANA, AMANDA OLIVEIRA; SOARES, CAMILA PEREIRA; GUARAGNA MACHADO, RAFAEL RAHAL; THOMAZELLI, LUCIANO MATSUMIYA; ARAUJO, DANIELLE BASTOS; LEAL, FABYANO BRUNO; CANDIDO, ERIKA DONIZETTE; TELEZYNSKI, BRUNA LAROTONDA; et al. Lower cost alternatives for molecular diagnosis of COVID-19: conventional RT-PCR and SYBR Green-based RT-qPCR. Brazilian Journal of Microbiology, v. 51, n. 3, AUG 2020. (17/25123-9, 16/20045-7, 18/23680-0, 17/24769-2)

ANDREATA-SANTOS, ROBERT; MACHADO, RAFAEL RAHAL GUARAGNA; DOS SANTOS ALVES, RUBENS PRINCE; SALES, NATIELY SILVA; SOARES, CAMILA PEREIRA; RODRIGUES, KARINE BITENCOURT; SILVA, MARIANGELA OLIVEIRA; FAVARO, MARIANNA TEIXEIRA DE PINHO; RODRIGUES-JESUS, MONICA JOSIANE; YAMAMOTO, MARCIO MASSAO; et al. Validation of Serological Methods for COVID-19 and Retrospective Screening of Health Employees and Visitors to the Sao Paulo University Hospital, Brazil. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 12, p. 8-pg., 2022-06-02. (20/08943-5, 16/20045-7, 21/05661-1, 14/50890-5, 16/23560-0, 15/02352-7, 20/06409-1, 17/24769-2, 16/14344-1, 18/23680-0, 20/10700-3, 18/07629-5, 18/07142-9)

DE FREITAS DUTRA, VALERIA; BONET-BUB, CAROLINA; YOKOYAMA, ANA PAULA H.; ACHKAR, RUTH; MACHADO, RAFAEL RAHAL GUARAGNA; ASSUNCAO, MURILO; CANDELARIA, GABRIELA; SOARES, CAMILA PEREIRA; FACHINI, ROBERTA MARIA; FONTAO-WENDEL, RITA; et al. Anti-A and SARS-CoV-2: an intriguing association. Vox Sanguinis, v. 116, n. 5, MAR 2021. (18/23680-0, 17/24769-2, 16/20045-7, 20/06409-1)

BATISTA DOS SANTOS, JULIANA DE MELO; SOARES, CAMILA PEREIRA; MONTEIRO, FERNANDA RODRIGUES; MELLO, RALYRIA; DO AMARAL, JONATAS BUSSADOR; AGUIAR, ANDRESSA SIMOES; SOLEDADE, MARIANA PEREIRA; SUCUPIRA, CAROLINA; DE PAULIS, MILENA; ANDRADE, JULIANA BANNWART; et al. In Nasal Mucosal Secretions, Distinct IFN and IgA Responses Are Found in Severe and Mild SARS-CoV-2 Infection. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 12, FEB 25 2021. (20/06409-1, 19/14115-0, 16/20045-7, 18/23680-0, 12/15165-2)

WENDEL, SILVANO; FONTAO-WENDEL, RITA; FACHINI, ROBERTA; CANDELARIA, GABRIELA; SCURACCHIO, PATRICIA; ACHKAR, RUTH; BRITO, MAYRA; REIS, LUIZ FERNANDO; CAMARGO, ANAMARIA; AMANO, MARIANE; et al. A longitudinal study of convalescent plasma (CCP) donors and correlation of ABO group, initial neutralizing antibodies (nAb), and body mass index (BMI) with nAb and anti-nucleocapsid (NP) SARS-CoV-2 antibody kinetics: Proposals for better quality of CCP collections. Transfusion, v. 61, n. 5, FEB 2021. (18/23680-0, 17/24769-2, 16/20045-7, 20/06409-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SOARES, Camila Pereira. Padronização da técnica SHERLOCK (Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking) utilizando a proteína Cas13a para diagnóstico do Vírus Respiratório Sincicial em pacientes pediátricos. 2023. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.