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Imunoprecipitação de cromatina acoplada ao Sequenciamento de DNA (ChIP-seq) como uma ferramenta para a identificação de genes regulados pelo fator de transcrição do tipo "MADS box" RlmA de Aspergillus fumigatus

Processo: 19/03063-0
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Pesquisa
Vigência (Início): 01 de novembro de 2019
Vigência (Término): 31 de outubro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Iran Malavazi
Beneficiário:Iran Malavazi
Anfitrião: Robert Cramer
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Local de pesquisa : Dartmouth College, Estados Unidos  
Assunto(s):Aspergillus fumigatus

Resumo

A forma mais grave de infecção causada pelo fungo filamentoso Aspergillus fumigatus é a aspergilose pulmonar invasiva (IPA), a qual acomete indivíduos imunocomprometidos. A parede celular é essencial para a sobrevivência da célula fúngica sendo esta um fator de proteção contra estresses do meio ambiente incluindo o dano osmótico à célula. A compreensão dos mecanismos de como a célula fúngica constrói e remodela a parede celular é altamente relevante mediante as altas taxas de mortalidade causada por este fungo na população de risco. O nosso laboratório tem estudado uma das vias de transdução do sinal responsável pela síntese e remodelamento de parede celular em fungos, denominada via da integridade da parede celular (CWIP). Entretanto, os mecanismos de ativação upstream e os efetores downstream da CWIP ainda não estão completamente elucidados. De tal forma, esta lacuna do conhecimento se configura como a premissa fundamental deste projeto. Anteriormente, identificamos a importância da proteína quinase apical da CWIP, PkcA e do fator de transcrição do tipo "MADS box" denominado RlmA. Os resultados indicaram que RlmA é importante para a ativação transcricional de vários genes relacionados à manutenção da integridade da parede celular, além de genes envolvidos em outros processos celulares. Entretanto, análises transcricionais não são capazes de distinguir genes que são direta ou indiretamente regulados por um fator de transcrição. Assim, neste projeto, utilizaremos a técnica de imunoprecipitação de cromatina associada ao sequenciamento de DNA (ChIP-seq) visando a identificação abrangente do papel de RlmA durante o estresse de parede celular. Além disto, parceiros proteicos da proteína quinase PkcA serão identificados através de abordagem proteômica. Os resultados gerados poderão identificar proteínas envolvidas tanto na ativação da CWIP assim como efetores diretos não conhecidos do fator de transcrição RlmA.