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Compreensão da função biológica de produtos naturais de bases de dados para o planejamento de compostos ativos para o tratamento de doenças infecciosas

Processo: 19/05967-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2019
Vigência (Término): 30 de abril de 2021
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Química
Pesquisador responsável:Adriano Defini Andricopulo
Beneficiário:Marilia Valli
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/07600-3 - CIBFar - Centro de Inovação em Biodiversidade e Fármacos, AP.CEPID
Assunto(s):Doenças transmissíveis   Produtos naturais   Banco de dados

Resumo

A biodiversidade fornece estruturas químicas exclusivas para o planejamento de compostos ativos e é a principal fonte de medicamentos aprovados mundialmente (67% são produtos naturais, derivado semi-sintético, macromolécula isolada de um organismo ou um grupo farmacóforo inspirado em produtos naturais). Os produtos naturais são modelos eficientes para a química medicinal porque compreendem propriedades estruturais selecionadas evolutivamente com a capacidade de interagir ou se ligar a alvos proteicos. A diversidade molecular catalogada desempenha um papel fundamental na descoberta, planejamento e desenvolvimento de fármacos. Se a informação química da biodiversidade estiver adequadamente acessível, organizada e catalogada, ela poderá ser muito mais útil para o projeto de novas moléculas ativas. Os repositórios de dados contribuíram enormemente para estudos em diversas áreas científicas, como medicina, química, biologia, taxonomia, ecologia e áreas ambientais, e são uma das ferramentas mais importantes para a descoberta de fármacos. A primeira biblioteca de produtos naturais da biodiversidade brasileira (NuBBE Database) foi originalmente criada por nosso grupo de pesquisa e tem se mostrado um recurso importante para diversas áreas de estudo. Atualmente, esse banco de dados contém mais de 2.000 compostos, de acesso livre on-line (http://nubbe.iq.unesp.br/portal/nubbedb.html), fornecendo dados valiosos e integrativos, tais como dados químicos, espectrais, biológicos, taxonômicos, geográficos e farmacológicos. Esta base de dados é uma importante ferramenta de pesquisa para design de fármacos, química medicinal, modelagem molecular e para uma ampla variedade de estudos computacionais.O planejamento de fármacos baseia-se principalmente no conhecimento dos mecanismos pelos quais as moléculas bioativas interagem com os alvos farmacológicos. O planejamento baseado na estrutura de receptor (SBDD) por meio de modelagem molecular é uma das estratégias mais eficientes utilizadas para avaliar a interação de compostos ativos e seu alvo biológico e melhorar a farmacodinâmica. Este é um método útil para identificar interações intermoleculares cruciais no processo de reconhecimento molecular e para a seleção de hits que se ligam ou se encaixam na cavidade de ligação da proteína alvo. O foco deste projeto é usar uma abordagem de modelagem molecular computacional para identificar scaffolds e hits nos produtos naturais do banco de dados NuBBE, a fim de gerar informações para o design de novos protótipos para o tratamento de doenças negligenciadas. Além disso, o projeto visa continuar a expansão da NuBBE Database para catalogar metabólitos secundários já descritos da biodiversidade brasileira, para que o Brasil possa fornecer a base de dados de produtos naturais mais completa dos ambientes equatorial e tropical.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE FREITAS, LARISSA; VALLI, MARILIA; DAMETTO, ALESSANDRA C.; PENNACCHI, PAULA C.; ANDRICOPULO, ADRIANO D.; MARIA-ENGLER, SILVYA S.; BOLZANI, VANDERLAN S. Advanced Glycation End Product Inhibition by Alkaloids from Ocotea paranapiacabensis for the Prevention of Skin Aging. Journal of Natural Products, v. 83, n. 3, SI, p. 649-656, MAR 27 2020. Citações Web of Science: 0.
ASSE JUNIOR, LEONARDO RANDER; KRONENBERGER, THALES; MAGALHAES SERAFIM, MATEUS SA; SOUSA, YAMARA VIANA; FRANCO, ISABELLA DRUMOND; VALLI, MARILIA; BOLZANI, VANDERLAN DA SILVA; MONTEIRO, GUSTAVO CLARO; BRUNO PRATES, JOAO LUCAS; KROON, ERNA GEESSIEN; FERNANDES MOTA, BRUNO EDUARDO; FERREIRA, DIEGO DOS SANTOS; DE OLIVEIRA, RENATA BARBOSA; MALTAROLLO, VINICIUS GONCALVES. Virtual screening of antibacterial compounds by similarity search of Enoyl-ACP reductase (FabI) inhibitors. Future Medicinal Chemistry, v. 12, n. 1, p. 51-68, JAN 2020. Citações Web of Science: 0.

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