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Modelos genômicos não aditivos na avaliação de vacas leiteiras

Processo: 19/03373-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2019
Vigência (Término): 31 de maio de 2021
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Gerson Barreto Mourão
Beneficiário:Fabrício Pilonetto
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Vacas leiteiras   Qualidade do leite   Gado Holandês   Pecuária leiteira   Frequência do gene   Estudo de associação genômica ampla

Resumo

As ferramentas genômicas possibilitaram grandes avanços nos estudos genéticos em animais de produção, desta forma, tornou-se possível identificar regiões do genoma e marcadores moleculares associados a características de importante impacto econômico na Pecuária. Tradicionalmente, as abordagens genômicas investigam os efeitos genéticos aditivos, no entanto, permanece incerta qual a contribuição dos efeitos não-aditivos na variância genética e fenotípica. Além disso, esses efeitos podem auxiliar na identificação de regiões do genoma que apresentam heterozigose vantajosa para características de interesse comercial. O objetivo deste estudo é estimar a heterozigose genômica individual em um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para características de produção e qualidade do leite em bovinos da raça Holandesa, por meio de modelos genômicos não aditivos. Primeiramente, propõe-se trabalhar com simulação de dados, para identificar o modelo que melhor se ajusta para estudar o efeito da heterozigose nas predições genômicas. Para a simulação será utilizado o software QMSim e o pacote GenAbel para realizar a Run of heterozygosity (ROHet), com janelas de 50, 100 e 200 pb. Posteriormente, será aplicada a metodologia em dados reais, com informações fenotípicas de 5.981 vacas mensuradas entre os anos de 2012 a 2019. Para as análises genéticas serão utilizados dados genotípicos de 1.067 vacas, na qual 747 vacas foram genotipados em painel de baixa densidade e 389 vacas em painel de média densidade. Será proposto um GWAS adaptado para identificar a variação não-aditiva do fenótipo e possíveis QTLs e marcadores moleculares associados às regiões hetezigóticas. Este é um estudo complementar a outros realizados com apoio da FAPESP, na área do Melhoramento Genético em Bovinos Leiteiros e espera-se que este contribua para a expansão das fronteiras científicas em relação a estrutura genética de características importantes na Pecuária Leiteira e na investigação de abordagens genômicas alternativas para promover o progresso genético nas populações bovinas. (AU)