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Identificação de genes de células hospedeiras que afetam a retenção de mRNA e a função de Rev-RRE de HIV

Processo: 19/09887-4
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Vigência (Início): 08 de julho de 2019
Vigência (Término): 07 de julho de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Edison Luiz Durigon
Beneficiário:Flávio da Silva Mesquita
Supervisor no Exterior: Marie-Louise Hammarskjold
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Virginia (UVa), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:18/10913-7 - Desenvolvimento de uma nova estratégia de inibição in vitro de Zika Vírus e Influenza Vírus utilizando a técnica de edição de RNA CRISPR-Cas13 como alternativa de tratamento, BP.DD
Assunto(s):Virologia   Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas   HIV   RNA mensageiro

Resumo

O projeto envolverá o uso de vários métodos biológicos moleculares e ferramentas de bioinformática para estudar o HIV. No Objetivo 1, métodos de sequenciamento de longa leitura usando tecnologia nanopore serão desenvolvidos para estudar diferentes isoformas de splicing expressas a partir de um novo vetor de HIV. O objetivo # 2 servirá para identificar os genes da célula hospedeira envolvidos na retenção nuclear de mRNAs do HIV, bem como genes hospedeiros que afetam positiva ou negativamente a função Rev. Rev é uma proteína de exportação nuclear viral que é conhecida por interagir com a proteína da célula hospedeira Crm1, que serve como uma proteína de exportação para proteínas, bem como mRNAs. Embora se saiba há muitos anos que o Rev promove a exportação nucleocitoplasmática de mRNAs do HIV, muitos aspectos da regulação da Rev são desconhecidos. Especificamente, no Objetivo # 1, vamos sequenciar e analisar todas as diferentes isoformas de mRNAs do HIV que são expressas a partir de um novo vetor baseado em HIV. No Objetivo 2, usaremos bibliotecas vetoriais Lentivirais CRISPR / Cas9 em conjunto com o novo sistema vetorial de HIV para identificar genes de células hospedeiras que estão envolvidos na retenção nuclear de mRNAs de HIV com introns retidos, assim como novos genes hospedeiros que estão envolvidos na Função Rev / RRE.