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Estudo de associação genômica ampla para resistência a Aeromonas hydrophila em tambaqui (Colossoma macropomum)

Processo: 19/10662-7
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2019
Vigência (Término): 31 de outubro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
Pesquisador responsável:Diogo Teruo Hashimoto
Beneficiário:Raquel Belini Ariede
Supervisor no Exterior: Jose Manuel Yanez
Instituição-sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa: Universidad de Chile, Chile  
Vinculado à bolsa:17/19717-3 - Análises genômicas para associação de SNPs com resistência a Aeromonas hydrophila e rendimento de filé no tambaqui (Colossoma macropomum), BP.DR
Assunto(s):Locos de características quantitativas   Resistência à doença   Estudo de associação genômica ampla   Melhoramento animal

Resumo

Aeromonas hydrophila é uma bactéria gram-negativa considerada um patógeno nocivo à saúde humana e para peixes de ambientes de água doce. No Brasil, a aeromoniose provoca altas taxas de mortalidade em várias espécies de peixes, incluindo o tambaqui (Colossoma macropomum). Este estudo tem como objetivo realizar um estudo de associação genômica ampla para resistência a A. hydrophila em tambaqui. Os objetivos específicos são: 1) desenvolver um denso mapa de ligação utilizando dados de ddRAD-seq (sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição de dupla digestão) em tambaqui; 2) caracterizar regiões genômicas de QTL (locus de características quantitativas) associadas à resistência a A. hydrophila em tambaqui. O sequenciamento/genotipagem por ddRAD-seq será caracterizado em 18 famílias de tambaqui desafiadas com A. hydrophila, o que permitirá avaliar milhares de SNPs (single nucleotide polymorphisms). As características avaliadas para resistência a doença serão taxa de sobrevivência e tempo de morte. Inicialmente, um mapa de ligação de densidade média (~ 15K SNPs) será construído para o tambaqui, que servirá para análises posteriores da associação genômica. Em seguida, modelos estatísticos para associação SNP/características serão aplicados para realizar estudos de associação genômica ampla e detectar QTLs. Os SNPs que tiverem associação significativa serão anotados funcionalmente por comparações com genomas de espécies próximas. O resultado esperado é gerar um avanço significativo para estudos de melhoramento em peixes nativos, particularmente para um melhor entendimento das regiões genômicas associadas a características de resistência a doenças. O impacto potencial deste estudo é viabilizar tecnologias para a produção de peixes melhorados para a indústria da aquicultura.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, V, MILENA; AGUDELO, JOHN F. G.; BORGES, CAROLINA H. S.; LIRA, LIESCHEN V. G.; YOSHIDA, GRAZYELLA M.; PILARSKI, FABIANA; YANEZ, JOSE M.; HASHIMOTO, DIOGO T. Genetic (co)variation between resistance to Aeromonas hydrophila and growth in tambaqui (Colossoma macropomum). Aquaculture, v. 523, JUN 30 2020. Citações Web of Science: 1.

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