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Desenvolvimento de um pipeline de bioinformática para identificação de doenças infecciosas emergentes em pacientes em regime de transfusão crônica

Processo: 19/07861-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2019
Vigência (Término): 31 de maio de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Svetoslav Nanev Slavov
Beneficiário:Ian Nunes Valença
Instituição-sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Metagenômica

Resumo

Os estudos envolvendo metagenômica viral vem conquistando o espaço científico nas últimas décadas devido os avanços revolucionários do sequenciamento de nova geração (do inglês Next Generation Sequencing, SNG) e, principalmente, devido a possiblidade de avaliar a presença de agentes infecciosos virais emergentes sem a necessidade de conhecer qualquer característica genômica dos mesmos. Nesse panorama, destacam-se os pacientes que recebem múltiplas transfusões de sangue ou tratamentos contínuos com hemoderivados (beta-talassemia, anemia falciforme e hemofilia) pelo fato de apresentarem um alto risco de aquisição de doenças infecciosas parenterais e manifestarem alterações imunológicas que permitem o desenvolvimento de infecções virais crônicas. Portanto, esse grupo torna-se um alvo de interesse para identificação de agentes virais emergentes, re-emergentes e não suspeitos que, por um lado, podem afetar de uma maneira negativa a sobrevivência dos pacientes e por outro podem revelar agentes virais não suspeitos com impacto na medicina transfusional. Um dos maiores desafios da análise do metagenoma viral é apresentado pela condução da análise bioinformática. Algumas dificuldades incluem o processamento de grande quantidade de dados, falta de recursos humanos capacitados para a execução das análises no Brasil, sofisticação das ferramentas de bioinformática e a interpretação da relevância clínica dos dados obtidos. Portanto, o objetivo dessa proposta é desenvolver um pipeline utilizando ferramentas bioinformáticas para analisar o viroma em amostras de sangue obtidas de pacientes com talassemia, anemia falciforme e hemofilia. Adicionalmente, será feita uma análise da evolução molecular dos agentes virais com relevância clínica incluindo análise filogenética, presença de subpopulações virais e genótipos circulantes. O desenvolvimento desse projeto conta com colaborações internacionais do Instituto Pasteur, Paris, França e o Instituto Nacional de Transfusão Sanguínea, Paris, França.