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Aplicação de métodos de bioinformática para identificação de infecções virais com impacto em hemoterapia

Processo: 19/08528-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2019
Vigência (Término): 31 de maio de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Svetoslav Nanev Slavov
Beneficiário:Rafael dos Santos Bezerra
Instituição-sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Metagenômica

Resumo

Desde que termo metagenômica foi utilizado pela primeira vez no meio científico pela para identificar comunidades microbianas ambientais por técnicas de sequenciamento do tipo shotgun ou sequenciamento de última geração (SNG) ambos os equipamentos e as aplicações da metagenômica evoluíram drasticamente. Ao longo do tempo, a metagenômica ambiental deu espaço para a utilização da metagenômica clínica, principalmente na caracterização de vírus emergentes. No Brasil, a analise do viroma na área da hemoterapia é ainda pouco praticada. Dentre os maiores desafios, destaca-se a análise bioinformática devido a problemas operacionais e computacionais bem como a falta de recursos devidamente capacitados para analisar o metaviroma. Esta proposta visa a aplicação das ferramentas bioinformáticas (pipelines de bioinformática) em dois aspectos. Por um lado, será avaliada a presença de vírus emergentes em bolsas de sangue indeferidas para doação devido a informação pós-doação (tratamento com hemoderivados) e pacientes com transplante de células-tronco hematopoiéticas (pacientes receptores de hemoderivados). Neste panorama destacam-se os pacientes com transplante hematopoiético que por um lado podem apresentar reativação de várias infecções virais, porém, por outro devido a profunda imunossupressão podem servir como hospedeiros para vírus emergentes. Visando um melhor entendimento das possíveis infecções virais encontradas em hemoderivados e pacientes com transplante hematopoiético, este trabalho visa a aplicação de um pipeline de bioinformática para análise de dados metagenômicos provenientes de SNG. Serão incluídos passos e softwares que visam extrair o máximo de informações possíveis dos vírus presentes nas amostras. Esse trabalho contará com a ajuda de pesquisadores bioinformatas do Instituto Pasteur, Paris, França e o Instituto Nacional de Transfusão Sanguínea da França, Paris, França.

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