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Estudo do perfil de resistência, virulência e epidemiológico de Escherichia coli isoladas do meio ambiente

Processo: 18/01890-3
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2019
Vigência (Término): 30 de abril de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Eliana Guedes Stehling
Beneficiário:João Pedro Rueda Furlan
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Microbiologia ambiental   Resistência a medicamentos   Anti-infecciosos   Virulência   Escherichia coli   Tipagem molecular
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Escherichia coli | Mlst | Resistência | Virulência | Microbiologia ambiental

Resumo

A resistência bacteriana é um problema frequente no ambiente hospitalar. O aumento da resistência entre os membros da família Enterobacteriaceae tem resultado no aparecimento de espécies multirresistentes, as quais representam um importante problema de saúde pública. Dentre as enterobactérias mais comumente relatadas em infecções hospitalares está a Escherichia coli, a qual pertence a microbiota comensal e pode atuar como patógeno oportunista, principalmente em pacientes imunocomprometidos. Diferentes classes de antimicrobianos podem ser utilizados no tratamento de infecções causadas por esse patógeno, e dentre eles, as classes dos ²-lactâmicos, quinolonas e fluorquinolonas, tetraciclinas, aminoglicosídeos, inibidores da via de folato, fenicóis e polimixinas. Diversos fatores de virulência estão correlacionados à patogenicidade dessa bactéria, entre eles, as toxinas e hemolisinas. O objetivo do presente projeto de pesquisa é caracterizar 100 isolados de Escherichia coli obtidos do meio ambiente quanto à resistência aos antimicrobianos, virulência, relação clonal e epidemiológica. Dentre os 100 isolados obtidos, 64 isolados foram classificados como multidrug-resistant (MDR), apresentando não suscetibilidade principalmente para ampicilina (89%), estreptomicina (75%), cefazolina e cefuroxima (67%), sulfametoxazol + trimetoprima, sulfonamida e trimetoprima (52%). Sete isolados já foram caracterizados quanto ao genes de resistência, tipagem plasmidial e virulência. Os genes de resistência blaCMY, blaOXA-1-like, blaSHV, tetA, tetB foram detectados em todos os isolados, seguido dos genes sul1 (4), sul2 (3), aadA (3), sul2, aac(62)-Ib (2) e floR (1). De acordo com a tipagem plasmidial, IncF, IncY e ColE-like foram detectados em todos os isolados, seguido dos IncFIB (6), IncFIA (1), IncFIC (1), IncHI1 (1) e IncN (1). A pesquisa dos genes de virulência demonstrou que o gene ipaH foi o mais prevalente, sendo detectado em quatro isolados, seguido do gene stx2 (n=1). Assim, esses isolados foram classificados em dois diferentes patotipos, sendo EIEC e STEC, respectivamente. Dois isolados não apresentaram nenhum dos genes de virulência pesquisados. A análise do MLST foi realizada em seis, dos sete isolados previamente caracterizados, sendo detectados seis diferentes STs (ST10/CC10, ST942, ST1684, ST2600, ST6658 e ST8067). Dois isolados provenientes de solo foram caracterizados pelo sequenciamento do genoma completo, as quais apresentaram diversos genes de resistência, virulência e plasmídeos. (AU)

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Publicações científicas (29)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Widespread high-risk clones of multidrug-resistant extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli B2-ST131 and F-ST648 in public aquatic environments. INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS, v. 56, n. 1, . (18/01890-3)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; RODRIGUES DOS SANTOS, LUCAS DAVID; SILVA MORETTO, JESSICA APARECIDA; RAMOS, MICAELA SANTANA; LAGE GALLO, INARA FERNANDA; DIAS ALVES, GEORGIA DE ASSIS; PAULELLI, ANA CAROLINA; DE SOUZA ROCHA, CECILIA CRISTINA; CESILA, CIBELE APARECIDA; GALLIMBERTI, MATHEUS; et al. Occurrence and abundance of clinically relevant antimicrobial resistance genes in environmental samples after the Brumadinho dam disaster, Brazil. Science of The Total Environment, v. 726, . (18/24069-3, 18/01890-3, 18/19539-0)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; LOPES, RALF; LIMA GONZALEZ, IRYS HANY; RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE; STEHLING, ELIANA GUEDES. Comparative analysis of multidrug resistance plasmids and genetic background of CTX-M-producing Escherichia coli recovered from captive wild animals. Applied Microbiology and Biotechnology, v. 104, n. 15, . (18/01890-3)
RAMOS, MICAELA SANTANA; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; LAGE GALLO, INARA FERNANDA; RODRIGUES DOS SANTOS, LUCAS DAVID; DE CAMPOS, TATIANA AMABILE; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. High Level of Resistance to Antimicrobials and Heavy Metals in Multidrug-Resistant Pseudomonas sp. Isolated from Water Sources. Current Microbiology, v. 77, n. 10, . (18/01890-3, 18/19539-0)
DE MELO, FERNANDA MACIEL; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; SANCHEZ, DANILO GARCIA; LAGE GALLO, INARA FERNANDA; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Dispersion of merA and catabolic genes in Brazilian water sources. ECOLOGICAL INDICATORS, v. 108, . (18/01890-3, 18/19539-0)
FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; LOPES, RALF; STEHLING, ELIANA GUEDES. Multidrug resistance IncC plasmid carrying bla(CMY-97) in Shiga toxin-producing Escherichia coli ST215-H54 of ovine origin. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 93, . (18/19539-0, 18/01890-3)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; LOPES, RALF; STEHLING, ELIANA GUEDES. Whole-genome sequence-based analysis of the Paenibacillus aquistagni strain DK1, a polyethylene-degrading bacterium isolated from landfill. WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, v. 37, n. 5, . (18/01890-3)
RAMOS, MICAELA SANTANA; FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; ROSA, RAFAEL DA SILVA; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Patterns of antimicrobial resistance and metal tolerance in environmental Pseudomonas aeruginosa isolates and the genomic characterization of the rare O6/ST900 clone. ENVIRONMENTAL MONITORING AND ASSESSMENT, v. 195, n. 6, p. 14-pg., . (18/01890-3)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; LAGE GALLO, INARA FERNANDA; STEHLING, ELIANA GUEDES. enomic characterization of multidrug-resistant extraintestinal pathogenic Escherichia coli isolated from grain culture soil. Pedosphere, v. 32, n. 3, p. 495-502, . (18/19539-0, 18/01890-3)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; LOPES, RALF; RAMOS, MICAELA SANTANA; RODRIGUES DOS SANTOS, LUCAS DAVID; ROSA, RAFAEL DA SILVA; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Colistin-resistant mcr-1-positive Escherichia coli ST1775-H137 co-harboring bla(CTX-M-2) and bla(CMY-2) recovered from an urban stream. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 96, . (18/01890-3, 18/19539-0)
NAKAMURA-SILVA, RAFAEL; OLIVEIRA-SILVA, MARIANA; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; STEHLING, ELIANA GUEDES; SARAIVA MIRANDA, CARLOS EDUARDO; PITONDO-SILVA, ANDRE. Characterization of multidrug-resistant and virulent Klebsiella pneumoniae strains belonging to the high-risk clonal group 258 (CG258) isolated from inpatients in northeastern Brazil. Archives of Microbiology, v. 203, n. 7, p. 4351-4359, . (18/01890-3)
FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; RAMOS, MICAELA SANTANA; GALLO, INARA FERNANDA LAGE; MORETTO, JESSICA APARECIDA SILVA; STEHLING, ELIANA GUEDES. ccurrence of clinically relevant antimicrobial resistance genes, including mcr-3 and mcr-7.1, in soil and water from a recreation clu. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL HEALTH RESEARCH, v. 32, n. 4, . (18/01890-3)
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LOPES, RALF; FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; GALLO, INARA FERNANDA LAGE; STEHLING, ELIANA GUEDES. Colistin-Resistant mcr-1-Positive Escherichia coli ST131-H22 Carrying bla(CTX-M-15) and qnrB19 in Agricultural Soil. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 12, . (18/01890-3, 18/19539-0)
LOPES, RALF; FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; STEHLING, ELIANA GUEDES. Detection of CTX-M-27-positive endophytic Escherichia coli ST131 lineage C1/H30R subclade carrying bla(KPC-2) on an IncX3-IncU plasmid in a fresh vegetable. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 30, p. 2-pg., . (18/01890-3, 21/01655-7)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; ROSA, RAFAEL DA SILVA; RAMOS, MICAELA SANTANA; RODRIGUES DOS SANTOS, LUCAS DAVID; LOPES, RALF; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Genetic plurality of bla(KPC-2)-harboring plasmids in high-risk clones of Klebsiella pneumoniae of environmental origin. Science of The Total Environment, v. 881, p. 8-pg., . (21/01655-7, 18/01890-3)
FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; RAMOS, MICAELA SANTANA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; ROSA, RAFAEL DA SILVA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Multidrug-resistant Shiga toxin-producing Escherichia coli and hybrid pathogenic strains of bovine origin. VETERINARY RESEARCH COMMUNICATIONS, v. N/A, p. 7-pg., . (18/01890-3)
LOPES, RALF; FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Acquisition of bla(IMP-13) on a novel IncP-7 plasmid in XDR VIM-2-positive Pseudomonas aeruginosa belonging to the global high-risk clone ST235 in an agricultural ecosystem. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 30, p. 3-pg., . (18/01890-3, 21/01655-7)
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ROSA, RAFAEL DA SILVA; FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; RAMOS, MICAELA SANTANA; SAVAZZI, EDUARDO ANGELINO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Early dissemination of novel NDM-1-producing Klebsiella pneumoniae ST6326 to the environment. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 34, p. 2-pg., . (21/01655-7, 18/01890-3)
FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; DOS SANTOS, LUCAS DAVID RODRIGUES; RAMOS, MICAELA SANTANA; GALLO, INARA FERNANDA LAGE; MORETTO, JESSICA APARECIDA SILVA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Occurrence of clinically relevant antimicrobial resistance genes, including mcr-3 and mcr-7.1, in soil and water from a recreation club. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL HEALTH RESEARCH, v. 32, n. 4, p. 10-pg., . (18/01890-3)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; GONCALVES DE ALMEIDA, OTAVIO GUILHERME; PEREIRA DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Characterization of an Environmental Multidrug-Resistant Acinetobacter seifertii and Comparative Genomic Analysis Reveals Co-occurrence of Antimicrobial Resistance and Metal Tolerance Determinants. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, . (18/01890-3, 18/19539-0, 17/13759-6)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; LAGE GALLO, INARA FERNANDA; DE CAMPOS, TATIANA AMABILE; STEHLING, ELIANA GUEDES. Genomic Characterization of a Multidrug-Resistant and Hypermucoviscous/Hypervirulent Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae ST4417 Isolated from a Sewage Treatment Plant. MICROBIAL DRUG RESISTANCE, v. 26, n. 11, . (18/01890-3, 18/19539-0)
SILVA MORETTO, JESSICA APARECIDA; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; BRAZ, VANIA SANTOS; BITENCOURT, TAMIRES APARECIDA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Presence of bla(OXA-48)-carrying IncF plasmid in an Escherichia fergusonii strain isolated from a sugarcane soil. Pedosphere, v. 30, n. 2, p. 293-294, . (18/01890-3, 18/19539-0)
GONCALVES DE ALMEIDA, AVIO GUILHERME; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; STEHLING, ELIANA GUEDES; PEREIRA DE MARTINIS, ELAINE CRISTINA. Comparative phylo-pangenomics reveals generalist lifestyles in representative Acinetobacter species and proposes candidate gene markers for species identification. Gene, v. 791, . (18/01890-3)
NAKAMURA-SILVA, RAFAEL; OLIVEIRA-SILVA, MARIANA; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; STEHLING, ELIANA GUEDES; SARAIVA MIRANDA, CARLOS EDUARDO; PITONDO-SILVA, ANDRE. Characterization of multidrug-resistant and virulent Klebsiella pneumoniae strains belonging to the high-risk clonal group 258 (CG258) isolated from inpatients in northeastern Brazil. Archives of Microbiology, . (18/01890-3)
DOS SANTOS, L. D. R.; FURLAN, J. P. R.; GALLO, I. F. L.; RAMOS, M. S.; SAVAZZI, E. A.; STEHLING, E. G.. Occurrence of multidrug-resistant Enterococcus faecium isolated from environmental samples. Letters in Applied Microbiology, v. 73, n. 2, p. 237-246, . (18/01890-3, 18/19539-0)
FURLAN, JOAO PEDRO RUEDA; RIBEIRO, TERESA GONSALVES; NOVAIS, ANGELA; CABRAL, HAMILTON; PEIXE, LUISA; STEHLING, ELIANA GUEDES. Citrobacter meridianamericanus sp. nov., isolated from a soil sample. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, v. 73, n. 3, p. 5-pg., . (21/01655-7, 18/01890-3, 20/14426-3)
RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; STEHLING, ELIANA GUEDES. Molecular characterization of an extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii isolated from a corn culture soil. Pedosphere, v. 31, n. 6, p. 973-976, . (18/01890-3, 18/19539-0)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
FURLAN, João Pedro Rueda. Caracterização molecular de isolados de Escherichia coli multidroga resistentes obtidos do meio ambiente. 2022. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.

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