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Estudo da instabilidade genômica de Halobacterium salinarum NRC-1 via sequenciamento de reads longas

Processo: 18/25329-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de setembro de 2019
Vigência (Término): 31 de agosto de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Vinícius Henrique Franceschini dos Santos
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Instabilidade genômica   Biologia computacional   Archaea

Resumo

Halobacterium salinarum NRC-1 é um extremófilo halófilo que, por pertencer ao domínio Archaea, possui características de eucariotos e bactérias. Devido ao fácil cultivo em laboratório, H.salinarum se tornou um modelo para estudos genéticos, muitos dos quais caracterizam seu genoma como altamente instável devido a alta frequência de mutantes espontâneos (H1 x 10 -2 ). Nosso grupo de pesquisa estuda uma variedade de linhagens de H. salinarum com genes cromossomais nocauteados e, analisando dados de RNA-Seq, identificamos um novo fenômeno relacionado à instabilidade genômica: algumas dessas linhagens apresentam uma possível deleção de H30 kb em um de seus plasmídeos. Neste projeto, propõe-se estudar a instabilidade genômica de H. salinarum com enfoque nos plasmídeos, utilizando o sequenciamento genômico dessas linhagens. Será utilizada a plataforma MinION, (Oxford Nanopore Technologies) que produz reads longas que deverão facilitar na montagem de genoma e na identificação de deleções e outras variantes estruturais. Serão utilizadas ferramentas de bioinformática para identificar essas variantes estruturais e relacioná-las à queda direta e indireta na expressão gênica utilizando dados preexistentes de RNA-Seq. Esse trabalho é um ponto de partida para estudar os mecanismos que levam à instabilidade genômica e sua relação com a regulação da expressão gênica. Este projeto será realizado em conjunto com o projeto de doutorado do aluno Alan Lorenzetti (FAPESP 2017/03052-2) e terá como objetivo principal o estudo dos plasmídeos de H. salinarum NRC-1.

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