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Detecção de transposases codificadas por sequências de inserção usando dados de proteômica

Processo: 19/13440-5
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 18 de outubro de 2019
Vigência (Término): 17 de outubro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti
Supervisor no Exterior: Nitin Surendranatha Baliga
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Local de pesquisa : Institute for Systems Biology, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:17/03052-2 - RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1, BP.DR
Assunto(s):Transposases   Biologia computacional   Halobacterium salinarum   Proteômica   Archaea

Resumo

Nosso projeto principal tem como objetivo a identificação dos componentes da regulação de sequências de inserção em Halobacterium salinarum, principalmente aqueles que agem no nível pós-transcricional. Identificamos diversos RNAs codificadores de transposase que se acoplam à proteína LSm, a qual pode reprimir ou induzir a tradução de transcritos. Quantificamos a mobilização de sequências de inserção após remover a proteína LSm do sistema e notamos diferenças quando comparamos o mutante nulo à linhagem controle. Este experimento revelou sequências de inserção ativas que podem ser exploradas em maior profundidade, porém atualmente possuímos apenas dados de genômica e transcriptômica. Neste projeto, propomos a integração de dados de proteômica aos nossos achados para melhor caracterizar o mobiloma de H. salinarum. Pretendemos checar quais sequências de inserção produzem proteínas e correlacionar a sua quantidade com os elementos ativos identificados. Além disso, esperamos analisar dados de H. salinarum cultivada em diversas condições para checar se a expressão de transposases é responsiva às variações ambientais. Durante a execução deste projeto, esperamos obter ganhos não só para o projeto principal, mas também para o desenvolvimento profissional do estudante.